龙爪槐SRAP—PCR反应体系的建立与优化
2017-08-12倪雅楠刘博
倪雅楠+刘博
摘要:以龙爪槐(Sophora japonica f. pendula Hort.)叶片为材料,采用L16(45)正交设计试验,对SRAP-PCR反应体系中的Mg2+、dNTPs、Taq DNA聚合酶、引物和模板DNA用量5个因素进行优化,并确立适用于龙爪槐SRAP-PCR反应的最佳体系。结果表明,龙爪槐SRAP-PCR反应的最佳体系为反应总体积12.5 μL,Taq酶0.10 U、Mg2+ 3.0 nmol/L、dNTPs 2.5 nmol/L、正反向引物均为1.2 nmol/L、DNA 100 ng,其余体积用ddH2O补足。各因素水平变化对反应体系的影响影响大小依次为引物、模板DNA、Mg2+、dNTPs、Taq酶。用35个龙爪槐样品对优化体系进行验证,均得到条带清晰、多态性丰富的图谱,证实了该体系的稳定性。
关键词:龙爪槐;SRAP-PCR;正交试验;反应体系优化
中图分类号: S687.01文献标志码: A文章编号:1002-1302(2017)11-0019-03
相关序列扩增多态性(sequence related aplified polymorphism,SRAP),是美国加州大学蔬菜作物系Li等在芸薹属(Brassica)中开发出的,利用1对独特的引物设计方式实现对开放阅读框架ORFs进行扩增的标记[3],适合于植物的遗传多样性研究、比较基因组学、遗传图谱的构建等领域研究。笔者首次采用SRAP技术对龙爪槐的遗传多样性进行分析,因此,须要确定其SRAP-PCR的最佳反应体系。
正交试验能综合各因素及其相互作用,快速找到影响因素的最佳水平组合,不仅效率高,且结果稳定可靠。正交试验已被广泛应用到菊花、荷花和番茄的优化体系中,并已确定最佳的反应体系[4-6]。
1材料与方法
1.1材料
供试材料为采自北京市35株龙爪槐的嫩叶(表1),硅胶
1.3.4龙爪槐SRAP-PCR最佳反应体系验证以35份龙爪槐的基因组DNA为模板,随机选取2个SRAP引物组合ME1-EM7、ME8-EM8,按照上述扩增及检验方法,对优化的龙爪槐SRAP-PCR反应体系进行检测。
1.4数据的统计与分析
采用Excel软件对试验结果进行统计和分析。……
