刘卫东,宋 伦,吴 景

1 辽宁省海洋水产科学研究院, 大连 116023 2 辽宁省海洋环境监测总站, 大连 116023



环境样本中微型和微微型浮游植物高通量测序的引物优化

刘卫东1,2,*,宋 伦1,2,吴 景1,2

1 辽宁省海洋水产科学研究院, 大连 116023 2 辽宁省海洋环境监测总站, 大连 116023

分别以18SrDNA的V4区和V9区为目标基因,采用高通量测序平台和生物信息学方法,分析海水样品中微型和微微型浮游植物多样性。利用在线分析软件对V4(F/R)、V9(F/R)和C4(F/R)3对引物的敏感性、特异性进行了评估和比较,发现自行设计的引物V4(F/R)对真核藻类的扩增特异性高于V9(F/R)和C4(F/R)。高通量测序结果显示,检测样品平均获得68834条原始序列,高质量数据占99%以上,获得基因注释的序列数达94%以上。3对引物V4(F/R)、V9(F/R)、C4(F/R)鉴定的平均微型/微微型浮游植物OTUs数分别为78、42、58,引物V4(F/R)鉴定效率相对较高,同时对细小微胞藻(Micromonaspusilla)、(金牛微球藻Ostreococcustauri)、密球藻(Pycnococcusprovasolii)、抑食金球藻(Aureococcusanophagefferens)、赤潮异弯藻(Heterosigmaakashiwo)等优势种检出频率高于引物V9(F/R)。相对已发表的2对引物,设计的引物V4(F/R)对海洋微型和微微型藻类多样性检测更为高效。

微型浮游植物; 微微型浮游植物; 高通量测序; 18S rDNA可变区V4; 可变区V9

海洋微型和微微型浮游真核藻类具有生长快、密度高、分布广等特点,是海洋初级生产力的重要贡献者,同时也是赤潮、褐潮暴发的致灾种[1]。由于微型和微微型藻类个体微小、缺乏形态学分类指标、多数难以分离培养、无法大量单纯富集,所以传统的分类学方法鉴定较为困难。分子生物学的快速发展,为微型和微微型藻类的多样性研究带来了新突破[2- 4]。……