陈 科, 李 凯, 周宇荀, 肖君华

(东华大学 a.环境科学与工程学院; b.生物科学与技术研究所, 上海 201620)

利用二代测序数据判定SNP基因型

陈 科a, 李 凯b, 周宇荀b, 肖君华b

(东华大学 a.环境科学与工程学院; b.生物科学与技术研究所, 上海 201620)

通过将二代测序数据与连接酶检测反应(ligase detection reaction, LDR)对单核苷酸多态性 (single nucleotide polymorphism, SNP)基因分型的结果进行比对, 确定二代测序数据判定SNP基因型的经验性阈值.利用多重聚合酶链式反应(multiplex polymerase chain reaction, multiplex PCR)对91个样本进行19个SNP位点的扩增, 扩增的产物混匀纯化后在Ion torrent PGM仪器上进行二代测序.利用LDR技术对相应的SNP位点进行检测, 将其分型结果作为二代测序数据判定SNP基因型的标准, 确定了二代测序数据判定SNP基因型的阈值: 测序深度≥6X, 等位基因比率在15%～85%的位点为杂合子, 在范围之外的为纯合子, 该阈值准确度达到99.6%； 针对等位基因频率分布在阈值边缘的数据, 结合聚类分析可将正确率提升至100%.研究结果为利用二代测序数据判定SNP基因型提供了一个准确、快捷和经验性的阈值与方案．

单核苷酸多态性(SNP)；二代测序；多重聚合酶链式反应(multiplex PCR)

单核苷酸多态性(SNP)是一种与复杂疾病相关的重要遗传位标[1].通常利用SNP进行生物学分析, 如遗传结构分析、个体化用药和复杂疾病定位.在过去的30年, 新SNP的发现依赖于以聚合酶链式反应(PCR)和毛细管电泳(capillary electrophoresis, CE)为基础的一代测序技术, 而SNP分型方案则依赖于Taqman、 Sequenom、SnaPshot、连接酶检测反应(LDR)和基因芯片等技术[2].近10年来, 二代测序技术高速发展, 其通量的不断提高以及成本的急……