李汶东, 熊翠玲, 王鸿权, 侯志贤, 童新宇, 张 璐, 付中民, 郑燕珍, 陈大福, 郭 睿

(福建农林大学蜂学学院，福建 福州 350002)



基于RNA-seq数据大规模挖掘蜜蜂球囊菌的SSR分子标记

李汶东, 熊翠玲, 王鸿权, 侯志贤, 童新宇, 张 璐, 付中民, 郑燕珍, 陈大福, 郭 睿

(福建农林大学蜂学学院，福建 福州 350002)

基于已获得的球囊菌转录组数据预测微卫星标记(SSR)，并进行SSR位点的信息分析和SSR引物的挖掘.利用软件MISA对球囊菌转录组中42610条unigenes进行搜索，共预测出7968个SSRs，分布于5233条unigenes中，其中最主要的重复类型为三核苷酸重复(53.15%)，其次为二核苷酸重复(32.32%)和四核苷酸重复(8.46%).二核苷酸重复中的基序主要是AG/CT(占总量的15.8%).针对所有的SSR位点，利用Primer Premier 5软件设计出6956对SSR特异性引物，随机选取20对引物对两个不同来源的球囊菌样品进行SSR位点扩增，共有6对引物成功扩增出符合预期的目的片段.研究结果表明，利用球囊菌转录组数据开发SSR引物是可行的.

蜜蜂球囊菌; 微卫星标记; 转录组; RNA-seq

微卫星(simple sequence repeat, SSR)是以1～6个核苷酸碱基为重复单元(motif)组成的简单串联重复序列.与同类分子标记技术相比，SSR具有多态性高、呈共显性遗传、重复性好、实验操作容易等特点[1]，在动植物及微生物等学科领域得到了广泛应用，但是SSR的特异性一定程度上限制了其引物的通用性[2].对于基因序列未知的物种而言，SSR的开发较为困难.传统SSR开发以基因文库构建法(包括SSR富集文库)为主[3-4]，不仅试验过程繁杂，而且效率低下.SSR还可以利用公共基因数据库(NCBI, EMBL, DDBJ)中的共享序列来发掘，然而……