烟草花叶病毒山西番茄分离物的全基因组序列测定及分析
2017-06-08庞小静赵慧琪王德富刘勇牛颜冰
庞小静赵慧琪王德富刘 勇牛颜冰*
(1山西农业大学生命科学学院,山西太谷 030801;2湖南省农业科学院植物保护研究所,湖南长沙410125)
烟草花叶病毒山西番茄分离物的全基因组序列测定及分析
庞小静1赵慧琪1王德富1刘 勇2牛颜冰1*
(1山西农业大学生命科学学院,山西太谷 030801;2湖南省农业科学院植物保护研究所,湖南长沙410125)
为明确山西省晋中市侵染番茄的病毒种类,采用双链RNA(double-stranded RNA,dsRNA)技术和非序列依赖PCR扩增(sequence-independent amplification,SIA)方法对感病番茄进行分子鉴定。序列测定及分析发现,具有花叶、卷曲症状的番茄为烟草花叶病毒(Tobacco mosaic virus,TMV)所侵染。进一步克隆TMV番茄分离物(TMV-SXFQ)的全基因组序列,得到TMV-SXFQ(GenBank登录号为JX993906)全长为6 394 bp,含4个开放阅读框(open reading frame,ORF)。序列比对分析表明,TMV-SXFQ与烟草花叶病毒属其他分离物的同源性为86.3%~99.6%;系统进化分析表明,TMV-SXFQ与韩国分离物IM聚为一簇、亲缘关系最近。
番茄;病原鉴定;烟草花叶病毒;序列分析
番茄(Solanum lycopersicumL.)为茄科番茄属一年生草本植物,具有生津止渴、健胃消食、清热解毒、补肾利尿等功效。作为广泛种植的蔬菜作物之一,番茄对我国的农业经济具有重要影响。据统计,近年来我国每年番茄产量可达5 000万t以上,2015年更是达到了5 594万t,占全国蔬菜总产量的7.1%;2016年继续增加,全国番茄种植面积约110万hm2(1 648万亩),总产量约5 686万t(马兆红,2017)。但从20世纪60年代起番茄病毒病在我国广为传播,严重影响了番茄的产量和品质。病毒病作为威胁番茄生产的主要病害之一(周雪平和钱秀红,1996),造成某些地区春播番茄减产30%左右,而对夏、秋播番茄影响更大,严重者甚至绝产,经济损失巨大(冯兰香 等,1987;……
