真正的危机在南海海上生成。事实上，早在2009年上半年，已接连发生中国船只在南海追踪美军观测船“无瑕”号、中国渔船在黄海与美军观测船“胜利”号对峙、美军宙斯盾舰“约翰·麦凯恩”号在菲律宾近海航行时拖曳声呐阵列与中国潜艇碰触导致损伤的事件，只不过在奥巴马执政开局期中美关系整体友好的氛围中，这些事件被压了下去。

无异于在平静的西太平洋上投下巨石，2010年7月23日，美国国务卿希拉里·克林顿在越南河内出席东盟地区论坛外长会时，突然使用事先精心准备的讲稿，就南海问题向中国发难，声称美国在维护“南海航行自由”方面拥有利益，在南海问题上反对使用武力或以武力相威胁。

以“海空一体战”为雏形，2012年1月美军提出“联合作战介入”概念，后升级为“全球公域介入与机动联合”概念，强调通过参与多国演习、签署介入和保障协议、建立和完善海外基地、预置物资以及前沿部署等“各种安全和接触行动”创造有利态势，确保联合部队“在面临大量潜在对手武力拒止和各种不同情况下，完成作战介入”，针对中国的特点十分明显。

2013年11月中国划设东海防空识别区，美军自行采取行动宣示不予承认的立场，同时美国在南海问题上加紧策动菲、越等国提高批华调门、采取挑事行动，还制造舆论称中国的下一步是在南海划设防识区。

2013年底开始，中国启动对南沙、西沙部分实控岛礁的填礁筑岛工程，至2016年初实现了对南海控制力的显著增强和南海力量格局的永久性改变。

2014年5月28日，奥巴马在西点军校发表宣示维护美国全球领导力决心的演讲，四次提及中国，指责中国与邻国在南海的争端造成地区局势紧张，声称美如不能确保各方遵守国际海洋法公约，那就是“退却”和“懦弱”，“美国已准备好应对中国在南海的‘侵略行为”。

美国把南海当作以“全球公域介入与机动联合”概念应对“反介入/区域拒止”的首要实践场，初步实现了军事上对东南亚的“重返”。针对中国的南海筑岛行为，美国“航行自由宣示行动”与海上规则强调并用，实施“成本强加”，也就是在军事上围堵、政治和外交上孤立中国，对冲中国的“咄咄逼人”。

2013年1月，菲律宾阿基诺三世政府将该国与中国在南沙群岛的争端提交设在荷兰海牙的联合国海洋法法庭仲裁。这场披着法律外衣的政治闹剧在2016年7月以一纸不被中方承认和接受的偏激裁决落下帷幕。

中国南海研究院院长、外交部政策咨询委员会委员吴士存认为，奥巴马政府在仲裁案背后发挥了极不光彩的作用，企图以所谓的法律程序否定中国的固有权利和合法主张，削弱中国与有关国家业已达成的通过谈判协商和平解决争议的重要共识，从而掌控南海地区规则制定的主导权。

澳大利亚国立大学学者休·怀特撰文指出，法律问题从来只是美国宣示姿态的一种借口，其主要用意永远是表达战略立场，而奥巴马政府在南海仲裁案上的战略立场就是，抵制中国在西太平洋日益强硬的海上姿态，重申自己作为优势海上强国的地位。

始于上世纪70年代的“航行自由宣示行动”是美军针对国际海洋法制度变革，以行使所谓“公海自由、过境通行和无害通过权”为名，采取的旨在抵消部分沿海国家“过度海洋主张”的常年措施，为确保美国军事力量在全球范围内绝对的空海域行动自由而制定。这项行动的对象国家和地区有近20个，遍布各大洲，苏联/俄罗斯、越南、印度尼西亚以及中国大陆和台湾等榜上有名。

从2013年底至南海仲裁案作出裁决，美军舰机与中国海上巡逻执法力量之间的侦察与反侦察，抵近与反抵近斗争，每隔四到六周便会公开、高调上演一次。最近一次是2016年10月21日，“迪凯特”号驱逐舰擅自进入中国西沙领海基线外12海里范围，中国海军“广州”号导弹驱逐舰和“洛阳”号导弹护卫舰当即行动，对美舰进行识别查证，并予以警告驱离。

长期以来，南海问题的核心是中国与周边部分国家围绕南沙群岛产生的领土主权和海洋权益争端，美国不持立场。然而在奥巴马任内，美国的南海政策发生了质变，从幕后走上前台，公开介入进来，也使得南海问题的性质发生了改变，岛礁归属争端、海洋管辖权争议和大国海洋战略博弈复杂纠缠在一起，南海问题成了美国实施“亚太再平衡”的平台、战略和军事上牵制中国的“抓手”。

中美在南海的博弈已带有局部对抗性质，如何管控和防止中美在南海的利益冲突升级，进而跨越“安全困境”，变得日益紧迫起来。