姜玉松， 樊汶樵， 徐敬明

(1. 重庆文理学院林学与生命科学学院，重庆 402160； 2. 重庆珍稀濒危水产资源保护与开发研究中心，重庆 402168)



利用RNA-seq技术分析棘腹蛙编码区微卫星特征

姜玉松1， 樊汶樵1， 徐敬明2*

(1. 重庆文理学院林学与生命科学学院，重庆 402160； 2. 重庆珍稀濒危水产资源保护与开发研究中心，重庆 402168)

棘腹蛙Paaboulengeri的遗传研究和基因组信息比较匮乏，致使可有效利用的分子标记非常有限。以棘腹蛙RNA-seq高通量测序数据为基础进行微卫星分子标记的大规模发掘和特征分析，结果显示：在121.6 Mb的棘腹蛙转录组序列中发现微卫星位点3165个，包含于3034条Contig序列中。在筛选到的1～6碱基重复核心的微卫星中，单碱基重复核心的比例最高，之后为三碱基、二碱基、四碱基、六碱基和五碱基重复核心，分别占29.0%、25.2%、21.7%、10.0%、10.0%和3.0%。其中A/T、AC/GT、AGG/CCT、ACAT/ATCT、AAAAT/ATTTT和AAAAAG/CTTTTT分别是单碱基、二碱基、三碱基、四碱基、五碱基、六碱基重复类型中对应的优势重复单元。棘腹蛙编码区微卫星多为重复长度小于24 bp的短序列，长度大于24 bp的微卫星仅占总数的0.92%。对编码区微卫星的侧翼序列分析发现，微卫星侧翼序列的GC含量显著低于转录组整体GC含量，且在含有微卫星上下游侧翼序列的Contig中，71.9%的序列可以设计特异引物扩增出含有微卫星序列的位点。研究结果为棘腹蛙的遗传研究和分子系统地理学研究提供了丰富的序列信息和标记资源。

高通量测序；棘腹蛙；微卫星

棘腹蛙Paaboulengeri又名石坑、石蛙等，隶属于两栖纲Amphibia无尾目Anura蛙科Ranidae，广泛分布于我国四川、重庆等地(费梁等，2005)，是我国特有的大型野生蛙类。……