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MITE类转座子m在水稻不同亚种间的差异分析

张宁1*，阮亚男1*，王姗姗1,2，刘洋1，赵宸1，王晶晶1，王凯玺3，王艳丽1，王红艳1

1 辽宁大学生命科学院植物表观遗传与进化实验室，辽宁沈阳110036 2 西藏自治区农牧科学院农业研究所品种资源研究室，西藏拉萨850000 3 辽宁省水土保持研究所，辽宁朝阳 122000

m是水稻中第一个被鉴定出的有活性的MITE类转座子，为了探索m在水稻粳稻品种日本晴和籼稻品种93-11基因组中的分布差异，本研究首先运用Southern杂交的方法初步检测m在两个亚种中拷贝数的差异，然后通过同源性探寻方法发现，m在水稻亚种日本晴和93-11基因组中拷贝数分别为52和14，并且日本晴基因组中的m均为m-1，93-11中m-1的拷贝数为3，m-2的拷贝数为11。通过分析m上下游5 kb侧翼序列发现m在日本晴和93-11中分别与23和3个已知基因相关联。本研究为阐明以m的分布多样性为主要原因的粳稻和籼稻之间的遗传差异提供初步理论基础。

粳稻，籼稻，转座子，m，水稻

转座子(Transpososable elements或transposons)是指基因组中可移动或复制自身DNA并整合到新位点的DNA片段[1]。转座子在基因组中常常具有很多拷贝，是真核生物基因组重要的组成部分[2]。人类基因组中转座子约占整个基因组的45%，植物中约为50%−90%[3]。由于转座子激活可造成基因的失活或缺失、基因组重排、甚至是着丝粒区序列的进化和分 化[4-7]，因此对于研究基因组结构、侧翼基因表达调控以及物种进化等都起到重要作用[3]。

根据转座方式可将转座子分为两类：Class I称为反转录转座子(Retrotransposon)，是利用RNA介导的转座[8]。……