湿地植物小叶章SSR引物筛选及反应体系优化
2016-09-15徐明怡王丽媛冷海楠张玉倪红伟黑龙江省科学院自然与生态研究所湿地与生态保育国家地方联合工程实验室哈尔滨150040
徐明怡,王丽媛,冷海楠,张玉,倪红伟(黑龙江省科学院自然与生态研究所湿地与生态保育国家地方联合工程实验室,哈尔滨150040)
湿地植物小叶章SSR引物筛选及反应体系优化
徐明怡,王丽媛,冷海楠,张玉,倪红伟*
(黑龙江省科学院自然与生态研究所湿地与生态保育国家地方联合工程实验室,哈尔滨150040)
开引物发合适的小叶章PCR-SSR引物并建立优化的反应体系是开展小叶章遗传多样性研究的基础。利用正价设计方法对小叶章SSR反应体系中的DNA模板和引物2个反应因素进行了9个水平的优化,并通过温度梯度优化引物退火温度。自主开发了51对小叶章SSR引物,筛选出12对扩增条带清晰、多态性丰富的SSR引物,为小叶章遗传多样性研究提供方法和理论依据。
小叶章;SSR分子标记;引物筛选
小叶章(Deyeuxia angustifolia)是禾本科野青茅属植物。主要分布于我国的东北、华北、内蒙古等地区的平原低湿地[1]。是三江平原典型草甸、沼泽化草甸的建群植物和优势植物,沼泽植被中的优势种、亚优势种或重要伴生种[2]。气候、土壤、水文及人类活动对会小叶章这样的湿地植物产生影响,同时小叶章也对这些影响表现出灵敏的反应[3,4],可以用来指示湿地生态功能和生态环境的变化[5]。国内外对小叶章的研究多集中在生理生态学方面[6-9]。
近年来,随着生物技术的迅猛发展,分子标记成为小叶章群落的系统关系等研究的重要手段。SSR (Simplesequence repeats,简单重复序列)又称微卫星(Micro satellite DNA),与其他分子标记相比较,SSR的优点是多态性频率高、重复性好和可靠性高,可以检测更多等位基因位点[10],在植物遗传多样性研究中被广泛应用。……
