孙蓉蓉，孙虎芝，张　灿，任慧英

(青岛农业大学动物科技学院，山东青岛 266109)



噬菌体vB-EcoP-Bp4尾部蛋白基因的密码子使用偏性分析

孙蓉蓉，孙虎芝，张灿，任慧英*

(青岛农业大学动物科技学院，山东青岛 266109)

摘要：为了解噬菌体vB-EcoP-Bp4(简称Bp4)尾部蛋白基因的密码子使用特性，利用生物信息学方法对N4类噬菌体Bp4的3个尾部蛋白基因 gp10、gp11、gp13与其他5株同源性较高的噬菌体进行密码子偏性分析。结果表明，噬菌体Bp4尾部蛋白基因与其他5株噬菌体尾部蛋白基因密码子使用模式基本一致，偏爱以A或U的密码子结尾；除了AUG(M)和UGG(W)外，针对Bp4的3个尾部蛋白基因gp10、gp11、gp13分别确定了14种、17种及16种高频密码子。通过6株噬菌体尾部蛋白基因密码子偏性比较和聚类分析发现，Bp4可预测蛋白gp10与ECBP1最相近，尾丝蛋白gp11与EC1-UPM、PhAPEC5较相近，而尾刺蛋白gp13与ECBP1、EC1-UPM最相近。本研究发现噬菌体Bp4尾部蛋白基因密码子使用的偏性结果与同源性高低相一致，将为进一步研究噬菌体Bp4提供依据。

关键词：噬菌体；尾部蛋白；密码子偏性

生物体中编码20种氨基酸的密码子有61种，每种氨基酸至少由1种密码子编码。编码同种氨基酸的各同义密码子存在使用偏性[1-2]，即同种密码子在不同物种中具有不同的使用频率，而且其密码子的使用方式也存在差别[3]。密码子的偏好性主要是由于基因突变和自然选择的结果，密码子使用偏性的研究有助于了解物种的起源与进化、基因的表达调控机制，并且能够提高转录及翻译的效率[1]。通过分析同义密码子的使用频率，可以推测出未知基因的表达水平，从而了解基因的表达调控机制；……