杨梅S-SAP分子标记体系的建立及应用
2016-06-21舒巧云刘珠琴章建红
焦 云,舒巧云,刘珠琴,章建红
(宁波市农业科学研究院 林业研究所,浙江 宁波 315040)
杨梅S-SAP分子标记体系的建立及应用
焦 云,舒巧云,刘珠琴,章建红
(宁波市农业科学研究院 林业研究所,浙江 宁波 315040)
摘要:基于杨梅全基因组Ty1-copia类型逆转座子LTR序列设计开发S-SAP引物组合,利用48份杨梅试材对其多态性指数进行评价,使用UPGMA(Unweighted Pair Group Method with Arithmatic Mean)法,构建了系统聚类树,并进行了二维和三维主坐标分析,进而探讨了杨梅种质资源遗传亲缘关系。成功开发了18个杨梅S-SAP引物组合,共扩增获得3739个条带,平均每个引物组合可扩增208个条带(100~500 bp),每个引物组合扩增条带数量范围为98~292,Shannon信息指数范围为0.2041~0.4522。其中,引物组合JY20的多态性最高,可扩增出292个条带。基于18个S-SAP引物组合,使用UPGMA法构建所有试材的系统聚类树,结果共分为3个组及3个亚组。聚类分析与主坐标分析结果高度相似,具有相同地域来源的品种大部分被划分于同一个分组,使用聚类分析与主坐标分析所得结果基本一致,但是聚类结果与果实色泽没有明显的关联性,利用三维主坐标分析更能全面且真实地反映杨梅品种间的亲缘关系。
关键词:杨梅;S-SAP;分子标记;遗传多样性
随着分子生物学技术的发展,现在DNA分子标记技术已有数十种,广泛应用于遗传育种、基因组作图、基因定位、物种亲缘关系鉴别、基因库构建、基因克隆等方面。其中,逆转座子分子标记之一的S-SAP(Sequence-Specific Amplification Polymorphism)是根据AFLP演变而来,其扩增的多态性一方面来源于限制性位点及其两侧序列的变异,与AFLP检测的变异相同;……
