《生态环境学报》的各项学术质量指标都较高

据《中国学术期刊（光盘版）》电子杂志社有限公司、中国科学文献计量评价研究中心2015年10月发布的《中国学术期刊影响因子年报（自然科学与工程技术·2015版）》，《生态环境学报》2014年的影响因子为1.92，总被引频次为12106。影响因子之学科排序为7/69，影响力指数之学科排序为5/69（即在环境科学技术类69种期刊中的排序分别为第7位、第5位）。5年影响因子为2.667。基金论文比为0.99（即99%）。2014年Web全篇下载量为21.35万次。

另据中国科学技术信息研究所2015年10月发布的《2015版中国期刊引证报告（核心版）》，《生态环境学报》2014年的核心影响因子为1.062（即在2383种中国科技核心期刊中统计的数据）、核心总被引频次为4789次，核心他引率0.94。影响因子、被引频次在生态学类（2013年新分出的一类）7种核心期刊中分别列第3和第4位，在全国2383种核心期刊中分别列第189和59位。