易官美，包燕春1.宁波城市职业技术学院，浙江宁波31550.江西省南昌市青山湖风景区管理处，江西南昌330039



香榧转录组测序及生物信息学基础分析

易官美1*，包燕春2
1.宁波城市职业技术学院，浙江宁波315502
2.江西省南昌市青山湖风景区管理处，江西南昌330039

摘要：香榧具有重要的经济价值，但其基因组信息相对匮乏，限制了其分子生物学和基因功能的研究。本文以不同组织的香榧作为研究对象，采用新一代高通量测序技术平台Illumina HiSeq™2000对香榧转录组进行测序和数据分析，共得到37，349，086个reads片段，总碱基数为4.35 G。利用组装软件，对获得的高质量序列进行组装，共得到104，636个Unigene，平均长度为784 nt，N50为1，702。将Unigene序列与公共数据库进行比对，28，766个Unigenes获得了注释。其中26，856个Unigene在NR蛋白数据库中获得注释，24，003个Unigenes在NT数据库中获得注释，21，401个Unigene在Swiss-Prot蛋白数据库中获得注释，16，137个Unigene在COG数据库中获得注释，11，410个Unigene在GO数据库中获得注释。根据KEGG注释信息，18，564个Unigene被划分到256个代谢途径中。SSR位点搜索发现，在4，217个Unigene中含有4，706个SSR位点。分析所获得的转录组数据，将为香榧功能基因的克隆，基因的表达，指纹图谱构建和分子标记辅助选育奠定基础。

关键词：香榧；转录组；高通量测序；SSR

香榧（Torreya grandis Fort. ex Lindl. cv. merrillii）为红豆杉科（Taxaceae）榧树属（Torreya）榧树（Torreya grandi Fort. ex Lindl.）的栽培变种。榧树起源于中国，在中国的湖南、江西、安徽、江苏、浙江和福建等省均有自然分布。榧树是世界上比较稀有的经济树种之一，既可以食用，也可以药用，还是绿化观赏的常用树种。香榧干果风味独特，富含营养，有止咳化痰、润肺明目、杀虫杀菌等多种功效；……