刘广斌，赵东欣，马　丽，姜曰水，卢　奎，3*

( 1．河南工业大学化学化工学院，河南郑州450001; 2．曲阜师范大学生命科学学院，山东曲阜273165; 3．河南工程学院材料与化工学院，河南郑州450007)



计算机模拟HsRAD51蛋白与多肽BRC4分子对接

刘广斌1，赵东欣1，马丽1，姜曰水2，卢奎1，3*

( 1．河南工业大学化学化工学院，河南郑州450001; 2．曲阜师范大学生命科学学院，山东曲阜273165; 3．河南工程学院材料与化工学院，河南郑州450007)

摘要:研究使用ZDOCK算法进行HsRAD51蛋白与多肽BRC4分子对接的准确性．采用Accelrys Discovery Studio 3．5软件计算平台，使用基于快速傅立叶转换的ZDOCK分子对接程序进行蛋白HsRAD51与乳腺易感基因BRCA2的重复基元BRC4的分子对接，然后使用RDOCK程序进行结果优化，最后将通过分子对接得到的几个蛋白-多肽复合物的三级结构与文献报道的通过X射线测得的蛋白HsRAD51与BRC4复合物的准确结构进行叠合比较，结果发现其中一些结构的叠合效果较好，碳链骨架叠合的RMSD最小的为0．034 4 nm．推测使用ZDOCK分子对接程序来进行HsRAD51蛋白与多肽的对接，具有较高的准确性．该结果为今后研究HsRAD51蛋白与BRCA2其他重复基元的分子对接以及相互作用提供了重要依据．

关键词:HsRAD51; BRC4; BRCA2; ZDOCK;分子对接

BRCA2蛋白与抑癌基因中的RAD51、P53蛋白等具有较强的相互作用，与多种肿瘤的发生具有较强的相关性［1－2］;同时BRCA2蛋白是修复DNA损伤的一种关键蛋白，可以参与多种基因表达的调节［3－5］．人的BRCA2蛋白与其他哺乳动物的BRCA2蛋白具有很高的同源性，其中包括8个序列高度保守的重复基元( BRC)，每个重复基元有35个左右的氨基酸残基．研究BRCA2蛋白中……