穰　杰,李　莉,唐　琼,杨　琦,何　恋,丁学知,夏立秋

(湖南师范大学生命科学学院，微生物分子生物学国家重点实验室培育基地,中国 长沙　410081)



第三代测序细菌基因组DNA提取方法的比较

穰杰,李莉,唐琼,杨琦,何恋,丁学知,夏立秋*

(湖南师范大学生命科学学院，微生物分子生物学国家重点实验室培育基地,中国 长沙410081)

摘要为筛选有效提取细菌菌株总DNA的方法，分别采用SDS法、CTAB-SDS法、试剂盒法和改良试剂盒法对苏云金芽胞杆菌、粘细菌和放线菌进行总DNA的提取、电泳检测、NanoDrop 2000测定、PCR扩增．对放线菌和苏云金芽胞杆菌，用改良试剂盒法所提取的总DNA纯度较高，电泳条带清晰，DNA主带位于23 kb，单位体积菌液所提取到的总DNA较SDS法和CTAB-SDS法高，能满足下游的PCR扩增等分子操作．对待测样品所做的质检报告也证实样品合格，可用于后续建库、测序．而粘细菌提取到的总DNA由于它们的OD260/230在2.0以下，没有达到第三代测序样品的要求．改良试剂盒法所提取到的总DNA大多数可以满足第三代测序技术样品制备的要求．

关键词第三代测序技术；DNA提取方法；CTAB-SDS法；改良溶液型试剂盒法

细菌全基因组测序在当今生命科学领域研究中具有非常重要的作用，其测序方法也由早先的Sanger双脱氧法经过第二代高通量测序技术，更新换代为单分子荧光实时测序技术(Self-Monitoring Analysis and Reporting Technology，SMART技术)．该测序方法与第二代测序方法相比展示了无与伦比的优势.例如，第二代测序技术读长较短，对后续的序列拼接、组装以及注释等生物信息学分析带……