貉外周血单核细胞转录组RNA-Seq 数据的de novo 拼接和信息比对研究
2015-03-09仝明薇程悦宁程世鹏
易 立,仝明薇,程悦宁,程世鹏
(中国农业科学院特产研究所 特种经济动物分子生物学国家重点实验室,吉林 长春 130112)
乌苏里貉是貉属的一种珍贵毛皮动物,现阶段我国广泛饲养的乌苏里貉亚种都是地产品种[1]。目前,我国貉的免疫相关分子信息挖掘亟待开展,如Toll 样受体、干扰素、细胞因子及受体等貉免疫分子信息大部分尚未解析,采用传统的依据同源基因(相似动物)设计引物,克隆测序显得较为繁琐。采用2 代测序通过一次测序就能获得大量序列信息,结合生物信息学比对,获得全基因组序列信息及注释信息[2-3]。
转录组是一个细胞中的所有转录本信息,包括转录本的数量、表达动态、转录本序列信息。由于转录组(mRNA 测序)几乎所有序列均为外显子,去除了内含子等无效信息,所以更为精简有用。乌苏里貉尚无全基因组序列,因此,建立貉外周血单核细胞(PBMCs)转录组测序及分析,对于研究其免疫系统特征及免疫机制具有重要意义。
本研究利用Illumina 平台首次对貉PBMCs 转录组进行序列分析,并对RNA-seq 数据进行拼接和注释,为后续开展貉进化研究及免疫机制研究提供参考,为貉全基因组测序项目提供较好的注释基础。
1 材料和方法
1.1 主要实验材料 外周血样品采集自10 只配种后公貉,每只约20 mL,共计200 mL;红细胞裂解液购自康为世纪公司;TRIzol Reagent 购自Invitrogen公司;PolyATtract®mRNA Isolation System III with Magnetic Stand 试剂盒购自Promega 公司;TransScript®One-Step gDNA Removal and cDNA Synthesis SuperMix试剂盒购自TransGen Biotech 公司;QIAquick PCR Purification 试剂盒购自QIAGEN 公司。
1.2 貉PBMCs 总RNA 提取 按照红细胞裂解液说明书方法,处理貉外周血并收获PBMCs,参照TRIzol Reagent 说明书提取总RNA。……
