万丽娜，马 猛

(安徽大学 计算机科学与技术学院，合肥 230601)

1 可变剪接的研究

mRNA 前体通过不同的剪接方式(即不同剪切位点和拼接方式)产生不同的mRNA 异构体(isoform)，出现一个基因指导合成多种不同的蛋白质产物。基因可变剪接的主要模式有［1］(1)盒式外显子(2)内含子保留(3)互斥外显子(4)5’供体位点可变(5)3’受体位点可变(6)可变起始外显子(7)可变终止外显子。如图1 所示。

图1 可变剪接模式

对可变剪接的研究也在不断的发展中，其中主要的方法有基于比较基因组学的可变剪接研究、基于高通量测序的可变剪接研究和基于基因组序列特征的可变剪接研究。

1.1 基于比较基因组学的可变剪接研究

比较基因组学(Comparative Genomics)是在基因组图谱和测序的基础上对已知的基因和基因组结构进行比较，来推测其他生物基因组的功能、表达机理和物种进化的学科。比较基因组学的基础是相关生物基因组的相似性。

基因组计划的进行推进了比较基因组学的发展，使得通过比对现有的EST、cDNA、mRNA 和基因序列数据来预测可变剪接成为可能。通过比较两种或多种基因组中同源外显子序列的相似性、可变剪接类型和相对表达量等信息，可以发现潜在的可变剪接变体［2］、判断可变剪接调控元件［3］或研究可变剪接外显子的进化保守性［4］。Ast 研究小组研究发现人类基因中保守的盒式外显子两侧的内含子序列在人和小鼠中一般也是保守的［5］，他们提取了人类基因组中1996 个保守的外显子，通过分析在人和鼠中保守外显子序列的特征和人类基因中的外显子以及其相邻内含子在小鼠中同源序列的保守性，预测出人类基因中部分的盒式外显子［6－7］。……