陈骏 ，施介华 ，2

（1.浙江工业大学药学院，浙江杭州 310012；2.浙江工业大学绿色化学合成技术国家重点实验室培育基地，浙江杭州 310032）

脱氧核糖核酸（DNA）是人体中最为重要的生物大分子，是生命的基础。DNA通过复制、转录、翻译形成蛋白质，蛋白质通过直接参与生物体内的催化、免疫、代谢过程，物质转运，信息传递以及运动和生物调控来协调人体的生命过程。而随着化学工业的发展，不经合理排放的印染废水［1］，滥用的农药［2］以及工业生产产生的有毒气体、有毒物质中的有机小分子有可能会直接或者间接地对DNA造成损伤，从而致畸致癌致突变［3］。同时，Laureen C.Colis［4］发现一种由海洋细菌产生的有机小分子lomaiviticin A能够通过破坏DNA的方式来杀灭癌细胞，这一发现或许可以为新型化疗药物的开发铺平道路。因此，研究有机小分子与DNA相互作用的过程有助于明确有机小分子是否存在致癌作用以及具体的致癌机理，并为癌症的预防，绿色化合物的设计等提供理论基础。在科研实验中，由于人体DNA不易提取和保存，因此常用同源性非常高的小牛胸腺DNA （ct－DNA）来替代人体DNA。本文概述了有机小分子与DNA的结合模式及表征手段，并介绍了分子模拟在这一方面的应用。

1 有机小分子与DNA结合的模式

有机小分子与DNA之间的结合方式主要包括共价结合与非共价结合。其中共价结合［5］是指靶向化合物与DNA中的碱基、糖和磷酸酯键形成共价键，主要表现为DNA的烷基化、DNA的链间交联和DNA的链内交联，例如作为双功能烷化剂的环磷酰胺即能通过链内交联的方式与DNA发生交叉联结，从而能够抑制DNA的合成。……