动画电影《天才眼镜狗》是根据上世纪60年代美国动画片《The Rocky and Bullwinkle Show》（波波鹿与飞天鼠）改编，故事讲述了在虚构的现实当中，天才眼镜狗抚养一个男孩儿，并经历万千冒险的故事。

皮博迪先生是一个智商超高的科学家，同时，也是非常成功的企业家，当然，他也是一只戴着眼镜的天才小狗。在7年之前，皮博迪先生领养了一个人类小男孩儿，并为他取名舍曼，还为他制造了一个神奇的时光机。

在这7年间，皮博迪先生驾驶着时光机，带舍曼去冰河世纪滑过冰，与贝多芬一起弹琴，跟梵（fán）高一起作画，到甘地家中做客，跟莎士比亚聊天，他们甚至还是林肯总统的好朋友！

舍曼虽然小小年纪，却是见多识广。不过，再聪明的小孩儿，也需要去上学。上学的第一天，舍曼对同学说自己穿越过时空，但是，同班同学佩妮却不相信他，于是，舍曼带着佩妮登上时光机，穿越到埃及，可没想到，一到埃及佩妮就被抓了起来。

舍曼穿越回现代找到皮博迪先生，皮博迪先生虽然很生气，但是，为了救回佩妮，只能跟舍曼一起来到埃及，经历了千难万险之后，他们终于救出了佩妮，回到了时光机上。

可时光机刚启动没多久，系统就提示电力不足，于是，他们来到1508年，皮博迪先生找到达·芬奇，并在达·芬奇的帮助下为时光机充好电，他们再次踏上回家的征程。可是，回家之路却没有想像中那么顺畅。皮博迪先生对舍曼不负责任的行为非常生气，但舍曼却有点儿不服气。就在他们争论的过程中，时光机飞到了黑洞附近，皮博迪先生马上调整航向，虽然时光机最终逃离了致命的黑洞，却坠落到了1184年特洛伊之战的前夜，而舍曼也突然失踪了。……