葛慧华，黄可君，张光亚

（华侨大学 化工学院，福建 厦门361021）

来源于嗜盐菌［1］的嗜盐酶（尤其是水解酶）能适应高浓度盐，也能忍受很宽的p H值，在医药、食品、纺织及化工产业等领域有广泛应用［2］.嗜盐微生物的嗜盐机理一直是研究者关注的焦点，目前已发现微生物主要通过两种方式对抗胞外的高盐环境［3-5］：1）在细胞内积累高浓度的K＋以对抗高渗环境（saltin）；2）在细胞内积累细胞相容性溶质来抗衡外界盐环境的负面影响（salt-out）.近年来，随着嗜盐微生物基因组和蛋白质组计划的完成，对第一种嗜盐机制微生物蛋白质组的分析日益增加［6］，而对后一种适应机制的微生物蛋白质组的研究则很少.由于细胞相容性物质都有带电荷的基团（如氨基酸来源的相容性物质），因此蛋白质为了在高浓度的细胞相容性物质中保持溶解性和稳定性，必须减少其分子表面非极性的面积［7-8］.这种微生物中蛋白质与其同源蛋白同样存在与嗜盐机制有关的差异，不过其差异程度相对较小［7］.生物信息学和比较蛋白质学的发展为研究嗜盐菌的机理提供了新思路，所得结果对设计新的嗜盐蛋白具有积极指导价值［9-10］.然而，多数方法并未对两种不同嗜盐机制的蛋白进行区分.本文选取了两株不同嗜盐机制的微生物及一株非嗜盐微生物的全蛋白质组序列，探讨了不同嗜盐蛋白稳定性机制，并使用一种新型核函数的支持向量机方法对3种蛋白进行了识别.

1 材料和方法

1.1 菌株选取及序列数据构建

根据以下3点规则从数据库选取微生物：1）必须是嗜盐微生物，且基因组注释已经完成，可提供大量蛋白质序列；……