用自然原子轨道电荷估测取代吡啶的pKa值
2014-03-02
(台州学院医药化工学院, 浙江 台州 316000)
用自然原子轨道电荷估测取代吡啶的pKa值
汪志鹏,吴俊勇,陈 丹,许威蕙,郭亚妮,钟爱国
(台州学院医药化工学院, 浙江 台州 316000)
使用密度泛函理论(DFT) 和 B3LYP/3-21G 基组,优化了 24 种取代吡啶类分子结构,发现吡啶环上氮原子的自然原子轨道电荷 (NBO) 值与其实验 pKa值之间存在良好的线性关系(R=-0.623 23),比其原子核静电势电荷 (ESP) 值拟合的好。计算了12 种未知 pKa值的多取代吡啶化合物的 NBO 参数,代入拟合出的线性参数方程, 发现与流行软件 ACD Lab 6.0 预测得到的多取代吡啶的 pKa值非常接近,最大偏差ΔpKa小于 ± 0.07, 新方法可以估测到pKa值小数点后3位数。
密度泛函理论方法;取代吡啶;自然原子轨道电荷;pKa
吡啶在工业上常用作变性剂、助染剂,以及合成一系列有用的衍生产品(包括药品、消毒剂、染料等)的原料[1]。植物细胞中的生物碱都具有吡啶环结构[2,3]。吡啶类化合物的酸式电离常数值pKa是一个非常重要的物理化学参数[4,5]。通常它们的值可以通过实验来测定。但实验测定方法会有一定的局限性,由于吡啶类化合物还是易挥发的并且有剧毒。因此通过分子的结构-活性关系(QSAR)方法来对多取代吡啶类化合物pKa值进行预测研究(见图1),建立具有pKa预测能力的较佳数学模型,这对于了解吡啶类化合物的药理及毒理性质具有重要意义[6,7]。

图1 取代吡啶的结构式及编号Fig.1 The structural formula of substituted Pyridine
1 计算方法
1.1 量化参数计算法
使用Gaussion 09W软件,构建24个已知实验pKa值的取代吡啶的分子结构模型,然后在DFT/B3LYP/3-21G 理论水平下,优化它们的结构,计算得到相对应的量化参数,分别记录吡啶及其取代吡啶环上N原子上的静电势电荷(ESP)和自然原子轨道电荷(NBO)值。……
