李晓然，龚福明,2，李 洁，罗义勇，柳陈坚,

（1.昆明理工大学生命科学与技术学院，云南 昆明 650500；2.德宏职业学院基础系，云南 芒市 678400）

发酵食品是指利用益生微生物加工制造而成的一类具有独特风味与营养价值的食品，其中，豆豉是以大豆或黄豆为主要原料，经由原料处理、制曲及后发酵三阶段酿制而成，它不仅风味独特，而且还富含多种生理活性物质。由于云南省独特的地理位置、气候条件和民族文化传统，生物资源繁多，发酵食品中具有独特和宝贵的微生物资源，由于缺乏对这些微生物全面的了解，这些宝贵的资源仍未得到很好的开发。

在过去的几十年中，大多数的微生物生态学家都在致力于分离和鉴定特殊环境中的微生物类群，通过这种方法已经获得了许多非常有用的信息。然而，由于许多微生物无法在实验室中通过常规培养得到，这使得可培养微生物的范围非常有限。基于分子生物学技术的针对rRNA基因的探索极大地促进了环境中微生物群落多样性的研究。rRNA基因在细胞中相对稳定，同时含有保守序列及高可变序列，是微生物系统分类的一个重要指标[1-2]。2008年，Hamady等[3]展示了一种使用焦磷酸测序可以同时平行分析多个样品的策略，在对不同的样品进行聚合酶链式反应（polymerase chain reaction，PCR）扩增时在引物的5’末端加上由8个碱基组成的标记（barcode），在同一次测序反应中同时分析了286个环境样品，由于使用高通量测序，每一个样品都可以得到较多的序列。这一方法在分析多个样品微生物群落多样性领域得到了极为广泛的应用。……