观光木cpDNA非编码序列PCR反应体系优化及引物筛选
2014-01-02何长青王红霞黄芳芳闫丽君徐刚标
何长青,王红霞,付 甜,黄芳芳,闫丽君,徐刚标
(1.中南林业科技大学 林木遗传育种实验室,湖南 长沙 410004;2.国家林业局 林产工业规划设计院,北京 100010)
观光木cpDNA非编码序列PCR反应体系优化及引物筛选
何长青1,王红霞2,付 甜1,黄芳芳1,闫丽君1,徐刚标1
(1.中南林业科技大学 林木遗传育种实验室,湖南 长沙 410004;2.国家林业局 林产工业规划设计院,北京 100010)
利用单因素与正交设计试验,对影响观光木cpDNA-PCR扩增的主要因子进行优化,建立了观光木cpDNA-PCR 最 适 反 应 体 系(20 μL), 为:50 ng 模 板 DNA、1×PCR buffer、0.2 μmol·L-1引 物、2 mmol·L-1MgCl2、0.3 mmol·L-1dNTP以及1 UTaqDNA 聚合酶;筛选出了适合观光木分子谱系地理学研究的非编码区序列引物,为rpl32-trnL、psbJ-petA、3′rps16-5′trnK、atpI-atpH、petL-psbE。
观光木;cpDNA;非编码序列PCR;体系优化;引物筛选
观光木Tsoongiodendron odorum系木兰科常绿乔木,虫媒传粉[1],为我国珍稀孑遗树种,属国家II级重点保护植物[2],对被子植物系统发育以及系统分类方面具有重要的科学意义。在我国,观光木零散分布于长江流域以南海拔300~1 100 m 的山地常绿阔叶林中[3-4],天然种群很小,为我国极小种群野生植物[5]。
观光木的研究主要集中在观光木的生物学特性、生态学特征、引种繁殖、化学成分和遗传多样性等方面[5-6]。分子谱系地理学是揭示种群遗传多样性、推测种群进化过程中的历史事件、探讨近缘物种亲缘关系的重要手段,已引起国内外学者的广泛重视。叶绿体DNA(Chrloroplast DNA,cpDNA)非编码序列具有较高的核苷酸置换率,能揭示种间和种内遗传变异,多态性丰富,能提供对系统发育研究的信息位点[7-8]。本研究通过对影响观光木cpDNA标记PCR反应体系主要因子进行优化,筛选出适宜的非编码区序列引物,为进一步开展濒危植物观光木分子谱系地理学研究奠定基础。……
