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改良消减杂交技术用以筛选差异表达非编码小RNA的应用初探

2013-09-13王燕彭莉萍陈锦珍刘星罗镇明周天会

生物技术通报 2013年2期
关键词:差异

王燕 彭莉萍 陈锦珍 刘星 罗镇明 周天会

在过去的一段时间里,人们逐渐意识到非编码RNA(Non-protein-cooding RNAs,ncRNA)的重要性。从蛋白质合成到基因表达的调控,ncRNA都扮演着重要的角色。作为一类非编码蛋白质的RNA,nc-RNAs从RNA的水平上在生物体内发挥着基础性功能,包括DNA复制、染色体的维持、转录调控、RNA的加工、mRNA的转录与稳定及蛋白质的翻译[1]。它既包括microRNA[2]、siRNA、piRNA[3]等短片段长度的ncRNA,又包括长度在200 nt以上的ncRNA,它们在生物体内广泛存在,通过RNA干扰、基因沉默、基因印记、DNA甲基化等机制调控着基因的表达。例如,一种含21-23 nt、在生物体内十分重要且丰度较高的RNA—microRNAs(miRNA),它们与多种蛋白质分子形成一种转录沉默复合体与靶mRNA的3' UTR(非编码区)特异性结合从而抑制mRNA的表达或引起其降解,在基因的转录后调控中发挥着关键性的作用[4];许多肿瘤的发生、发展与细胞内miRNA的异常表达有关[5],因此肿瘤细胞内差异表达的小ncRNA可以作为肿瘤检测和发生机制研究的一个重要方面。通过基因芯片技术和生物信息学方法可以检出肿瘤细胞中特异表达的ncRNA从而为阐明肿瘤发生的分子机制提供新的试验依据[6]。但是它只能依赖于已被发现鉴定ncRNA却无法筛选出新的ncRNA。目前检测新ncRNA的方法主要是构建编码各类ncRNA特异cDNA文库,然而这种检测结果却会被一些看家ncRNAs,如核糖体RNA、核内小RNA等严重干扰。而消减杂交技术可有效地降低甚至消除这种干扰。抑制性消减杂交技术(suppression subtractivehybridization,SSH)是Diatchenko等[7]1996年在抑制性PCR的基础上建立起来的cDNA消减杂交方法,十分适用于克隆分析造成某种特殊表型的目的基因,是研究细胞产生变化的分子机理的有效方法。……

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