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4种昆虫基因组中的线粒体假基因

2012-12-09杨明茹周志军常岩林张艳霞

河北大学学报(自然科学版) 2012年2期
关键词:研究

杨明茹,周志军,常岩林,张艳霞

(河北大学生命科学学院,河北保定 071002)

4种昆虫基因组中的线粒体假基因

杨明茹,周志军,常岩林,张艳霞

(河北大学生命科学学院,河北保定 071002)

为了进一步了解昆虫核基因组中线粒体假基因(Numts)序列分布情况,避免Numts序列对基于线粒体DNA(mt DNA)进行系统发育关系研究结果的误导,利用Blast N对GenBank中已完成核基因组和mtDNA测序的4种昆虫核基因组中的Numts序列进行检索,结果表明:冈比亚按蚊Anophelesgambiae中没有Numts序列;黑腹果蝇Drosophilamelanogaster中仅有少量Numts序列;赤拟谷盗Triboliumcastaneum和意大利蜜蜂Apismellifera基因组中Numts序列超过100条,尤其是意大利蜜蜂中的Numts序列涵盖全部mtDNA.ND2,ND4,ND5,COⅠ与lrRNA向核内转移频率高于其他mt DNA基因片段,因此,在使用其进行系统发育关系研究时需加倍谨慎.

mt DNA;Numts;基因组

线粒体DNA(mt DNA)具有结构简单、进化速率快和母系遗传等特征,是研究基因组结构和基因表达的良好模型,同时也是在分子进化和系统发育研究中应用最广的分子标记[1].随着聚合酶链式反应(PCR)和DNA测序技术的发展,mtDNA作为分子标记被广泛用于不同类群的系统进化和群体遗传结构研究[2-4].

线粒体假基因(nuclear mitochondrial pseudogenes,Numts)是在核基因组中发现的、与mtDNA高度相似的DNA片段[5],通常被认为是mtDNA向核基因组转移的结果,在真菌、无脊椎动物、脊椎动物和植物中都有Numts存在[6-8].由于核基因组中的Numts序列进化速率较mt DNA慢,更接近于mtDNA的祖先序列[9-12],因此,在使用通用引物进行扩增时,核基因组中的Numts极易被优先扩增出来或与mt DNA靶序列一起扩增出来[13-15].Numts序列的存在不仅增加了获得mt DNA靶序列……

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