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一种适用于PCR检测的苎麻陈年原麻DNA提取方法

2012-12-05陈平谭龙涛喻春明王延周陈继康熊和平

中国麻业科学 2012年6期
关键词:凝胶电泳琼脂糖苎麻

陈平,谭龙涛,喻春明,王延周,陈继康,熊和平

(中国农业科学院麻类研究所,湖南长沙410205)

苎麻(Boehmeria nivea L.Gand)为荨麻科苎麻属多年生宿根性草本植物,是我国特色的韧皮纤维作物。苎麻经收获剥制干燥得到原麻,从原麻及脱胶后精干麻外观无法区分不同的品种。要对苎麻原麻进行品种溯源和转基因检测,首先要提取原麻的DNA。苎麻DNA的提取,都是以幼嫩叶片或种子为试材[1-3],目前还未见有关从苎麻原麻中提取DNA的报道。由于苎麻含有多糖、多酚及其它次生代谢产物,陈年原麻中DNA随着存放时间的延长而降解严重,用常规CTAB法很难提取出DNA。本试验参照中药材DNA提取的方法[4-6],采取延长提取时间、加多种抗氧化剂和除蛋白的方法对苎麻陈年原麻基因组DNA提取进行了研究,并对提取产物进行了分光光度、琼脂糖凝胶电泳及PCR检测,为苎麻原麻DNA提取及转基因检测寻找了一条有效的途径。

1 材料与方法

1.1 植物材料与试剂

植物材料为2005年和2010年采集的苎麻品种“中苎一号”头麻的原麻,试验在2011年7月进行。

CTAB 提取液:质量浓度为 2%CTAB(Cetyltriammonium bromide),1.4mol/L NaCl,100mmol Tris-HCl(pH8.0),20mmol/L EDTA,质量浓度为3%PVP,3%β - 巯基乙醇。

PCR所用的Taq DNA聚合酶、dNTP等均购于天根生化科技有限公司。

1.2 方法

具体方法如下:取先用无菌水浸泡过的苎麻原麻0.5g(剪成小块利于研磨),迅速放入液氮,迅速研磨成粉末。再加入0.5ml 2%CTAB提取液(预热至55℃),然后55℃水浴1h左右,期间多次振荡离心管,再放入4℃冰箱中过夜提取。第二天加入0.5ml(24:1)氯仿/异戊醇,4℃12000r/min离心10min,小心吸取上清液并转入另一个灭菌1.5ml离心管中,加入300ul 10mol/L NH4AC和600ul异丙醇放置在-20℃下沉淀5h,然后4℃下12000r/min离心10min,弃液相,用70%乙醇清洗DNA 1-2次,将DNA沉淀自然风干,然后加200ul TE溶解备用。

1.2.1 DNA纯度及完整性测定

以λ/HindⅢ作为分子量参照物,用1%浓度的琼脂糖凝胶电泳检测DNA的完整性。用紫外线分光光度计测定所提取DNA溶液的OD260和OD280,测3次取平均值,算得A260/A280。根据OD260值按照1个OD260nm值相当于50ng/ul和稀释倍数来换算DNA的浓度,并计算DNA的产量。

1.2.2 DNA的PCR鉴定

PCR扩增引物CL是根据苎麻木质素合成相关基因4CL基因序列设计,序列为:前引物5'-AGGATACAAGAGGAGGGAAGAG -3',后引物:5'- ATACGGTCAACCACGTAAAGAT -3'。

PCR 扩增采用20ul反应体系,体系包括 DNA 模板 2ul、引物 1ul、dNTPs(2.5mM each)2ul、10×Tag buffer(含 Mg+)2ul、Taq -DNA 聚合酶(5U)0.3ul,加 ddH2O 至20ul。

PCR 反应程序为:94℃预变性3min,94℃变性30sec,55℃退火30sec,72℃延伸1min,34个扩增循环,最后72℃延伸5min。

2 结果与分析

2.1 DNA纯度和产量

从表1可以看出,提取的2010年和2005年苎麻原麻DNA的D260/D280都在1.8-2.0之间。但保存时间不同的原麻DNA产率有差异,2010年原麻提取的DNA浓度明显高于2005年原麻,而且2010年原麻的产率高于2005年原麻的产量。原因可能是随着保存年份的增加,原麻中的DNA逐渐发生降解,另外样本液中蛋白质、多糖和酚类等杂质污染,导致DNA纯度和产量发生变化。

2.2 DNA的电泳检测

对所提取的DNA进行琼脂糖凝胶电泳分析,从图1中可以看出,四个样品提取的DNA都有条带,但2010年原麻提取DNA的条带明显比2005年原麻的清晰。说明苎麻原麻经过机械剥制和长时间保存,DNA发生了部分降解,含量较低。

2.3 PCR扩增反应

将提取DNA作为模板进行PCR扩增,扩增产物用琼脂糖凝胶电泳检测。结果表明(图2),2010年和2005年原麻提取的DNA均可扩增出清晰谱带。说明虽然从苎麻陈年原麻中提取的DNA的浓度较低,但是能够满足PCR分析的要求。

图2 苎麻原麻提取DNA的PCR鉴定Fig.2 PCR amplification of 4CL gene of ramie

3 讨论

苎麻原麻中含有大量的多糖、多酚等次生代谢物质,而且越老,这些物质含量就越高。尤其是多糖,可与DNA同时沉淀,使DNA提取物呈胶状,从而影响对DNA样品的浓缩,干扰后续操作。因此大多数试验都是以苎麻幼嫩叶片为材料,但幼嫩部位材料的采集会受到季节限制。我们尝试过用常规CTAB法提取原麻基因组DNA,但结果不理想。本研究在传统CTAB提取方法的基础上,采取延长提取时间、加多种抗氧化剂和蛋白分离的方法对苎麻基因组DNA进行提取。分光光度计、琼脂糖凝胶电泳检测结果表明,2010年原麻提取出的DNA产量和纯度、产量均高于2005年原麻,说明苎麻原麻基因组DNA随着存放时间的延长而出现降解,存放时间越长,提取难度越大。PCR检测表明存放6年的苎麻原麻仍能够提取出DNA,虽然提取的DNA浓度较低,但PCR条带较亮,能够满足分子检测的需要。此提取方法可很好的解决苎麻嫩叶取材的时间限制,保证试验的顺利进行,同时为陈年原麻品种溯源和转基因检测提供了有效的方法。

[1]黄小英,刘瑛,赖小萍,等.用CTAB法提取苎麻总DNA试验[J].江西农业学报,2001,13(4):40-42.

[2]侯思名,段继强,梁雪妮,等.苎麻总DNA提取的CTAB法优化方案[J].西北植物学报,2005,25(11):2193-2197.

[3]郭新波,臧巩固,赵立宁,等.苎麻野生近缘种植物基因组DNA提取技术的改进[J].中国麻业科学,2008,30(1):28-32.

[4]刘 越,包白音通拉嘎,潘丽霞,等.蒙药材阿给(小白蒿)基因组DNA的提取[J].植物遗传资源学报,2008,9(3):346-349.

[5]南晓洁,郝媛媛,赵艮贵,等.柴胡药材干根DNA提取及RAPD分析[J].中草药,2009,40(3):447-451.

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