据一项新的研究报告称，土壤细菌和人类病原体会快速地交换多药耐药性基因，提示环境中的细菌可促进正在发生的抗生素耐药性危机。这些发现可改变目前的有关抗生素耐药性及对付方法的想法。土壤是地球上最大、最多元的微生物生境之一；土壤被人们越来越多地认识到是抗生素耐药基因的一个巨大的来源。土壤不但会直接与广泛用于牲畜饲养和种植农业的抗生素接触，土壤也是链霉菌的一个天然栖息地；链霉菌中的各种类型占了所有自然产生的抗生素中的主体。Kevin Forsberg及其同事用元基因组测序来寻找与在沙门氏菌、肺炎克雷伯菌及其他致病病原体等不同菌株中有着完全同一性的农田土壤细菌中的7种抗药基因。

他们还发现，多种抗药基因簇集在一起并在其两侧有已知能够使细菌之间发生基因转移的移动DNA元件。尽管这一研究的设立并非是为了确定土栖生物体与人类病原体之间是如何交换基因的，但这些结果提示，含有高浓度抗生素的排泄物对土壤和水的污染，以及在牲畜饲养中过度使用抗生素可能是在环境细菌中出现抗生素耐药基因选择的促成因素。