北京市科委正式公布的“2011年度认定北京市重点实验室和北京市工程技术研究中心名单”中，以中国食品发酵工业研究院为依托单位申报的“北京市蛋白功能肽工程技术研究中心”名列其中。

北京市蛋白资源与功能肽工程技术研究中心由中国食品发酵工业研究院与北京同仁堂健康药业股份有限公司、北京中食海氏生物技术有限公司共同建立，旨在构建面向农产品加工业、食品工业及传统医药等行业的天然蛋白资源的深度加工、高值利用技术研发平台，涵盖天然蛋白资源综合利用、食源性功能肽研制、体外功能评价、结构鉴定、终端产品开发及工业化生产技术研究，建立技术标准和体外功能评价体系，对于实现低值农林资源的高值化利用，促进我国传统医药、营养保健食品的升级换代具有重要作用。