刘宗林 许金山＊ 周泽扬 ，3

（1.重庆师范大学 重庆市动物生物学重点实验室，重庆 400047；2.重庆师范大学 活性物质生物技术教育部工程研究中心，重庆 400047；3.西南大学 家蚕基因组生物学国家重点实验室，重庆 400716）

微孢子虫（Microsporidia）是一类专性寄生于细胞内的单细胞真核生物，可以感染包括昆虫、鱼类和人类在内的几乎所有的动物［1］。感染柞蚕的柞蚕微孢子虫（Nosemaantheraeae），是柞蚕微粒子病的病原，其可经母蛾传染子代，给柞蚕养殖业生产造成严重损失［2］。目前对柞蚕微粒子病的防治主要是通过胚种检疫杜绝母体传染和卵面与养蚕环境消毒。从分子水平探究柞蚕微孢子虫对柞蚕的侵染机制，将有助于建立高效、准确的病害检疫和防治方法。ABYSS、Velvet，SOPAdenovo和Ray是目前常用的四种de novo组装拼接软件。Abyss［3］是基于Bruijn算法的拼接软件，Abyss拼接的优点是可以进行平行运算，并且可以多线程以及多个库同时运行，它往往适用于大基因组的短paired－end reads。有研究者曾利用Abyss对非洲男性的基因组测序得到的35亿对reads进行组装，获得了覆盖度达到了68%的全基因组框架图谱［4］。SOAPdenovo［5］是华大基因开发的高通量从头测序软件，能构建人类基因组大小的从头拼接草图。SOAPdenovo使用的Bruijn算法，是专门为处理Illumina GA产生的短reads而开发的，其为构建参考基因组提供了新的途径［6］。Velvet［7］是一款常用的基因组拼接软件，采用的也是Bruijn算法，它能同时支持fasta、fastq格式的数据，同时支持多个文库的数据同时使用。Velvet仅仅利用短reads和paired－ends信息，就可以产生可观长度的重叠群，Vevlet是目前短序列组装的应用较多的软件，对细菌基因组十分适合。……