金 光,张晓华

(中国海洋大学海洋生命学院,中国青岛266003)

海洋新菌的分类与鉴定方法

金 光,张晓华＊＊

(中国海洋大学海洋生命学院,中国青岛266003)

细菌的分类鉴定与细菌的研究和应用有着同等重要的地位。目前从自然界中可以培养的细菌总量不到1%,大多数海洋细菌的分类鉴定仍需建立在纯培养基础上。本文对目前可培养海洋细菌的分类鉴定方法做了系统的综述,详述了系统发生树的构建,汇总了生理生化分类特征,概述了主要的遗传学分析方法,包括16S rDNA序列分析,G+C含量测定,DNA-DNA杂交,MLST(多位点序列分型,Multi Locus Sequence Typing)以及核酸指纹图谱等,并指出每种方法适用的范围以及应用时需要注意的事项。另外,本文还提出了新菌分类鉴定的一般步骤。文章最后对目前海洋细菌分类鉴定的发展趋势进行了总结和展望。

海洋新菌;细菌分类鉴定;16S rDNA;生理生化;系统发生树

细菌,作为地球上最古老也是分布最广的生物,从海洋湖泊到人体表面[1],从火山口[2]到极地冰山[3],从海底热泉[4]到放射性废弃物[5]中,都能发现它们的身影。目前,根据2010年2月最新版细菌名录,已正式发表的细菌种类达到9916种,且仍在快速增长,仅2010年1月份就新增48个新种[5]。然而,据估计自然界存在的细菌种类总数在105～106之间,还有巨大数量的细菌新种有待于科学家去发现。如何将新发现的种类区别于已发现的种类就需要对细菌进行分类鉴定。

细菌分类学由最初的德国植物学者F.Cohn把细菌分为球菌、短杆菌、长杆菌和螺旋菌四类开始,就进入了经典分类法时代。……