高亚平 李玮 刘艳

摘要利用ProtParam、GOR4、ProtSite和NetPhos等软件预测和分析盐芥查尔酮合成酶基因编码蛋白的各级结构。结果推测出盐芥查尔酮合成酶基因编码蛋白分子式为：C1775H2847N487O511S21，理论等电点pI 8.55；并含有一个查尔酮合成酶活性位点：184-200（RLmMyQq GCFAGGTvLR）。

关键词盐芥；查尔酮合成酶；生物信息学；预测

中图分类号Q811.4文献标识码A文章编号 1007-5739（2010）24-0031-01

BioinformaticsPredictionandAnalysisofChaconneSynthesisGene ofThellungiellaSalsuginea

GAO Ya-pingLI WeiLIU Yan

（College of Life Science，Shandong Normal University，Shandong Jinan 250014）

AbstractThe characters of Chalcone synthase protein such as the composition of amino acid，equipotential，active site，hydrophobicity，phosphorylation sites，second structure were analyzed based on the ProtParam，GOR4，ProtSite and NetPhos software.Results：theoretical pI of this protein was 8.55，and the formula was C1775H2847N487O511S21.This protein contained a chalcone synthase active site from 184 to 200（RLmMyQq GCFAGGTvLR）.

Key wordsThellungiella salsuginea；Chalcone synthase gene；Bioinformatics；prediction

查尔酮合成酶（Chalcone synthase，CHS，EC 2.3.1.74）广泛分布在植物界中，是植物次生代谢途径中的关键酶。查尔酮合成酶是所有黄酮类化合物合成的关键酶，它参与了此类物质合成的第一步，它的作用是催化香豆酰辅酶A和丙二酰辅酶A生成苯基苯乙烯酮[1]。该物质具有很多重要的功能，如参与花色的形成、花粉育性、UV防护、抗病性和根瘤形成等等。盐芥作为一种具有多重耐受性的植物，是继拟南芥之后的又一种具有研究价值的模式植物。该文利用生物信息学的方法搜索盐芥CHS基因的相关片段，以期为该基因的深入研究提供有价值的理论依据。

1材料与方法

数据资料来源于National Center for Biotechnology Infor-mation（NCBI）EST数据库中已注册的盐芥的核酸序列。用Blast对其亲缘关系予以描述；用ProtParam[2]分析该基因编码蛋白的一级结构；用GOR4[3]预测其二级结构；用ProtSite[4]和NetPhos[5]分析蛋白质功能。

2结果与分析

2.1盐芥CHS基因相关片段的搜索及种间同源关系分析

该试验先以盐芥的近缘物种拟南芥的CHS At5g13930全长cDNA序列为Query Sequence，用BlastN 搜索得出Highly similar sequences的盐芥中CHS基因的近5和3端partial EST序列BY830286.1，BY830287.1（图1）。用ExPASy Proteomics serverDNA->Protein，结合tBlastx比对结果，得到一段盐芥CHS基因的putative蛋白质编码产物，并与其他多个物种中该基因进行了同源性分析，结果如图2所示。……