参与救灾的士兵出现甲型流感感染病例，在岛内引起一些恐慌。“国防部”25日召开记者会澄清说，从7月27日军中确诊第一例甲流以来，至今共有41个确定病例，36人已痊愈归队，剩下5人还在住院，其中仅4例与救灾有关，其余皆非救灾官兵。目前，与这4人有接触的官兵共212人，都会进行监测管理，连续7天早晚量体温，一有症状马上送医。25日，“陆军司令”杨天啸还下令化学兵开进万金营区，展开全面消毒，防堵疫情扩大。而《联合报》的报道则称，仅24日就有3名在屏东县林边、佳冬乡救灾的士兵出现甲流阳性反应，“累计屏东已有16名救灾弟兄疑似罹患新流感”。“中央流行疫情指挥中心”评估认为，岛内已经有近4万人感染过甲流，每周新增感染人数高达1.2万人，而9月开学将是疫情严峻的冲击点。

民进党文宣部主任郑文灿25日召开记者会，建议马英九应该比照非典期间启动“国安机制”，统筹所有资源。该党政策会执行长柯建铭还说，禽流感疫情期间，当局曾经4次召开“国安会议”，才遏制了灾情的扩散。不过干事长王幸男认为，岛内针对甲流疫情的准备已经很久，重点应该是行政部门能否发挥效率。国民党党团书记长杨琼璎也建议马英九应该为此召开“国安会议”，将防疫工作拉高到“国家安全”的层次，宣示当局的决心。

据了解，马英九已责成“行政院长”刘兆玄与防疫专家评估，决定是否再度召开“国安会议”。14日“八八水灾”灾情严重，马曾召开上任以来的第一次“国安会议”。“总统府”25日晚表示，马英九接受建议，认为目前甲流疫情还未到召开“国安会议”的程度，决定暂时不召开。……