一个可能危及人类存亡的问题最近被提出——如果“天外来客”身上附有某种人类不可知的细菌或生物，并且在地球的环境下被激活，那么人类能抵抗这些太空生物的入侵吗？

目前“机遇”号提供的数据证实，火星上某些区域曾经有液态水存在，而这些有水的地方，很可能有着某种“和地球生命形态完全不同的”细菌或微生物。

俄罗斯太空计划专家卡拉佘指出，太空站和探测飞船很可能带回太空微生物，这些微生物在孤立的空间内可能已经变种变形，如果它们回到地球并逃过被销毁的命运，肯定会对人类构成威胁。

卡拉佘透露，13年前俄一名微生物学家首度发现，太空站内的真菌存在杀伤力。曾登上和平号的太空人都曾在太空站各个角落发现许多变种真菌。它们极具破坏力，能释放出醋等腐蚀性物质，甚至会在空气中释放毒素。

美国宇航局的天体生物学家卢梅尔也认为：“太空污染是一个大问题，因为地球上还没有任何一个专门处置外星污染物的场所。”

一些生物学家提出，如果太空微生物是某种“传染性病原体”，将会造成相当可怕的后果。这种病原体会根据宿主的反应进行演化。当宿主对外来的病原体产生抵抗作用时，传染性病原体就会以新的方式来维系它的发展。一旦这样，当人体防御系统准备消灭外来病原体的时候，这些病原体就会发展出更加复杂的生存方式避免自己被吃掉。

也有一些专家认为这是杞人忧天，因为太空探测器在返回地球大气层后燃烧，炽热的高温是最好的消毒剂，任何太空细菌都立刻被销毁，根本不会被带到地球上来，也不可能危害地球生物。即便来自太空的微生物进入了地球，也不一定会造成伤害，因为它们无法适应地球环境。