2008年，《西安交通大学学报》自然版在获得教育部“中国高校精品科技期刊”之后，又入选“百种中国杰出学术期刊”，这是学报自然版第5次获此殊荣，“百种中国杰出学术期刊”是中国科学技术信息研究所依据影响因子、引文频次和他引比等期刊学术影响评价指标加权计算，并结合专家评价的方式，在中国主办的5000余种学术期刊(包括中国科学和各行业学会主办的专业学术期刊)中遴选产生的。