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养鸡发酵床垫料中脱硫菌的分离及鉴定

2023-11-02徐庆贤刘芸阮传清罗晓建

农业与技术 2023年20期
关键词:杆菌属垫料硫化物

徐庆贤刘芸阮传清罗晓建

(1.福建省农业科学院农产品加工研究所,福建 福州 350003;2.福建省农业科学院农业生物资源研究所,福建 福州 350003)

伴随着养鸡集约化产生的大量粪便造成环境污染,已经成为制约养鸡业可持续发展的制约性因素。鸡粪由于其高蛋白质导致的强烈恶臭,在各种畜禽粪便中,比牛粪、猪粪危害更大,也更难处理[1]。鸡粪经微生物分解后,会产生硫化氢(H2S)、氨气(NH3)挥发性有机化合物(VOCs)等气体的排放,对人畜健康产生不利影响[2],其中硫化氢是废气臭味的主要来源之一。在畜禽养殖过程中,提高粪污治理水平,可以大幅降低硫化氢、吲哚等恶臭气体的产生和病菌传播。微生物发酵床养殖技术是一种畜禽粪污治理模式,其将稻壳、锯末、秸杆等作物废弃物粉碎,做成垫料层铺设于养殖舍地面,再将动物养殖于垫料层上[3]。鸡粪便被垫料吸附、掩盖,并在微生物的作用下消解,可以减少粪便污染环境。

人工加入微生物可以调节菌群结构、缩短发酵周期、提高发酵床运行质量,降低有害气体的产生[4],是发酵床运行良好的关键因素。采用发酵床法养鸡,在养殖过程中不需要对鸡粪进行人工清扫、贮存,也不用建沼气池、污水池和粪场,运行良好时可大幅降低氨气、硫化氢等恶臭气体,已在鸡的养殖中得到推广应用[5,6]。

此外,在我国南方地区,夏季温度高,鸡发酵床垫料不宜铺设太厚,这使得养殖过程中产生的硫化氢等恶臭气体的控制更加困难。因此,有必要筛选更多的脱硫菌,为制备理想的发酵床复合菌剂,抑制鸡舍硫化氢等恶臭气体的产生提供菌种资源。由于发酵床垫料不仅是微生物分解鸡粪的场所,同时也为这种分解提供碳源,本研究从养鸡发酵床采集垫料,通过富集、分离和脱硫效果测定,获得脱硫菌,为进一步研发发酵床复合菌剂奠定基础。

1 材料与方法

1.1 供试材料

1.1.1 垫料样品

2022年11月14日在福建省顺昌县某发酵床养鸡场采集垫料样品。养鸡大棚面积1000m2,发酵床垫料厚度40cm,鸡品种为“优公”,26日龄。按5点采样法,在发酵床表面采集垫料,混合均匀,装入干净的自封袋,标记,用实验冰袋冷藏带回实验室,保存冰箱4℃冷藏备用。

1.1.2 主要培养基及试剂

1.1.2.1 脱硫菌富集培养基

蛋白胨10g、牛肉膏2g、氯化钠5g、硫化钠2g,调节pH值至6.5~7.5,加入蒸馏水至1L,分装至500mL三角瓶,121℃灭菌20min,备用。

1.1.2.2 脱硫菌分离平板

在脱硫菌富集培养基配方的基础上,按17g·L-1浓度加入琼脂,121℃灭菌20min,冷却至50℃倒平板备用。

1.1.2.3 主要试剂

Biospin细菌基因组DNA提取试剂盒(上海捷瑞生物工程有限公司);PCR扩增试剂(上海生工生物工程服务有限公司);16S rDNA扩增引物(正向引物:5′-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3′,反向引物:5′-GGTTACCTTGTTACGACTT-3′,上海生物工程有限公司)。

1.2 试验方法

1.2.1 菌株富集、分离、纯化

取垫料样品10g,加入装有90mL灭菌水的三角瓶(灭菌前瓶中装入玻璃珠),涡漩混合,再将三角瓶置于25℃,150r·min-1震荡30min,取出静置20min,移取上清液5mL至装有100mL富集培养基的三角瓶中,放置于37℃,150r·min-1摇床培养2d。从培养液吸取5mL,转移到新鲜富集培养基继续培养48h,如此连续转移培养5代。处理设3个重复。

吸取最后1次培养液1mL,用无菌水稀释10-4、10-5、10-6、10-7倍后,取0.1mL涂布于分离平板上,在30℃培养箱中培养48h。取出平板,观察菌落大小、形状、颜色,挑取不同特征的菌落,标记菌株号,采用三线法在新鲜的分离平板上纯化。将获得的纯化菌株分别采用斜面法和甘油法保存。

1.2.2 菌株的16s DNA序列分析

1.2.2.1 16s DNA序列的PCR扩增

取纯化菌株的培养物,采用Biospin细菌基因组DNA提取试剂盒提取细菌基因组DNA,作为PCR扩增的模板,利用16S rDNA引物进行PCR扩增。PCR反应体系(25μL):ddH2O 18.7μL、10×Taq Reaction Buffer 2.5μL、10mmol·L-1/each dNTP 0.5μL、引物各1μL、Taq DNA Polymerase 0.3μL、Temple 1μL。PCR扩增程序:94℃预变性5min,94℃变性30s,55℃退火45s,72℃延伸90s,35个循环,最后72℃延伸10min。用1.5%琼脂糖凝胶电泳检测PCR扩增结果,用凝胶图像分析系统观察并保存。

1.2.2.2 PCR产物测序及序列对比分析

将扩增成功的PCR产物送交福州铂尚生物技术有限公司测序。将测序结果通过网站GenBank(http://www.ncbi.nlm.nih.gov)进行序列比对分析,选择相关的参考菌株序列,再经Clustal X[7]对齐后,用软件Mega 5.0[8]进行聚类分析(方法为Neighbor-Joining,Nucleotide:Jukes-Cantor),构建聚类树[8-10]。

1.2.3 菌株脱硫效果比较

将获得的脱硫菌菌株在分离平板上纯化培养48h,将纯化好的菌株接种到脱硫菌富集培养基中,并以添加无菌水的培养基为对照,30℃、180r·min-1摇床培养48h。然后将培养的菌液取5%重新接入新的脱硫菌富集培养基中,对照组也取5%重新接入新培养基中,继续做空白对照,30℃、180r·min-1摇床培养。在培养的过程中依据《水质硫化物的测定 亚甲基蓝分光光度法》(HJ 1226-2021),检测并记录0h、24h、48h、72h、96h的液体培养基的硫化物含量,并与空白对照组的硫化物含量进行对比,计算出硫化物降解率。

1.2.4 数据分析

在DPS数据处理系统中[11],采用Tukey多重比较方差分析方法对不同处理的活菌数、pH和酸度进行比较。

2 结果与分析

2.1 菌株分离的结果分析

经16s DNA测序和GenBank(http://www.ncbi. nlm.nih.gov)序列比对分析,并以软件NJ法(Neighbor-Joining,Nucleotide:Jukes-Cantor),结合Bootstrap method检验(检验次数为1000次),构建系统发育树,如图1所示。从系统发育树可以看出,菌株Td51和Td-53处于同一最小分枝,紧邻的上一节点与Td52 Bootstrap值达91%,再上一节点与硬细胞芽孢杆菌Cytobacillus firmus strain NBRC 15306(NR_112635)相同,且Bootstrap method检验值为100%。菌株Td-54与枯草芽孢杆菌Bacillus stercoris strain D7XPN1(NR_181952)同处于最小分枝,且Bootstrap值达100%。菌株Td-55与硝化还原菌Nitratireductor aestuarii strain LMG 29090(NR 156984)最相似,Bootstrap值达99%。综合系统发育树分析结果,所获得的菌株主要是芽孢杆菌属(Bacillus),如表1所示。

图1 分离菌株基于16S rDNA序列构建的分子系统发育树

表1 菌株样品序列比对结果

2.2 菌株脱硫活性测定结果

由表2可以看出,在菌株刚接入时各培养液的硫化物起始浓度为1.00mg·L-1,相互间无显著差异;24h后,接菌处理组的硫化物含量略低于对照组;48h后,接菌处理组的硫化物含量显著低于对照组。试验测得对照组硫化物残留24h后为0.93mg·L-1,96h后为0.92mg·L-1,基本没有变化。5株分离菌对硫化物96h后的降解率为34%~78%,因此,考虑菌株对硫化物去除率,菌株Td54、Td55去除率较好,可以作为下一步的研究对象。

表2 不同菌株培养液硫化物残留及降解率

3 结论与讨论

养鸡发酵床垫料中存在大量的微生物,虽然大部分微生物因为分解鸡粪产生恶臭气体,但也有部分微生物可以降解这些恶臭气体,因此可以将这类微生物作为筛选除臭微生物的潜在菌种。

本试验通过富集、分离纯化和16s DNA序列分析,从养鸡发酵床垫料分离获得5株具有脱硫功能的菌株,其中芽孢杆菌属(Bacillus)4株。目前已知的脱硫微生物有芽孢杆菌属、短杆菌属、硫杆菌属等10多个种属[12]。本文研究结果大部分属于芽孢杆菌属,与已报道脱硫微生物相似。刘雪纯等[12]从规模化猪场中分离筛选了2株能够高效降解硫的菌株,分别为地衣芽孢杆菌和粪产碱杆菌。李玥等[1]从鸡粪堆肥中分离到5株具有较好除臭效果的菌株均属于芽孢杆菌属,分别为Bacillus sp.、贝莱斯芽孢杆菌(Bacillus velezensis)、耐寒短杆菌(Brevibacterium frigoritolerans)、木糖葡萄球菌(Staphylococcus xylosus)、变异棒杆菌(Corynebacterium variabile)。李珊珊等[13]筛选出1株解淀粉芽孢杆菌(Bacillus amyloliquefaciens)。吴翔等[14]筛选1株原磷谷氨酸杆菌(Glutamicibacter protophormiae)。

通过水质硫化物的检测方法检测液体培养基中硫化物含量变化,结果表明,5株脱硫菌对硫化物的去除率在34%~78%。李珊珊等[13]报道的菌株对硫化氢的去除率为52%,吴翔等[14]报道的菌株对硫化氢的降解率为62.80%,本文分离的菌株中Nitratireductor aestuarii Td-55脱硫效果最强,去除率为78%。

在实际生产中,不同的微生物菌群可能起相互协同作用,选择不同菌株混合发酵极有可能进一步提高脱硫降解率。周东兴等[15]自蚯蚓粪中分离获得了芽孢杆菌、黄单胞菌和假单胞菌各1株,经组合后可使硫化氢降解率提高71.53%。因此,有必要下一步研究脱硫效果最强的Td-54和Td-55菌株,与其他互补拮抗脱硫微生物进行菌种复配,有望进一步提高菌株脱硫效果,提高在发酵床上的应用潜力。

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