内蒙古自治区农牧业科学院农畜产品加工研究所先后与内蒙古科尔沁右翼中旗特牧牧业开发有限公司（挂牌动物福利示范基地）、内蒙古牧名食品有限责任公司（挂牌地方特色乳制品加工研发合作基地）、内蒙古大启食品有限公司（挂牌高原红葱加工研发基地）、内蒙古食全食美股份有限公司（挂牌科研成果转化合作基地）、内蒙古朝日农业科技有限公司（挂牌科研合作单位）、内蒙古苏太食品有限责任公司、科右前旗恒佳果业有限公司、正镶白旗蒙盛肉类有限责任公司、开鲁县鲁丰实业投资有限公司、内蒙古额尔敦羊业股份有限公司、内蒙古萨霖乳业有限公司、赤峰市巴林左旗孟和奶食品有限公司、内蒙古准露山野食品有限公司等建立了长期合作关系。

此外，先后与中国农业科学院农产品加工研究所、吉林农科院农产品加工研究所、辽宁农科院食品与加工研究所、黑龙江农科院食品加工研究所、中国农业科学院果树研究所、广东农科院蚕业与农产品加工研究所、云南农科院农产品加工研究所、江苏农科院农产品加工研究所和广西农科院农产品加工研究所等科研院所和中国农业大学、西北农林科技大学、南京农业大学食品科学技术学院等高等院校建立了业务联系。

在国际合作交流方面，该所与蒙古国农业大学畜牧业与生物科学学院、蒙古国达尔罕农业科学院、蒙古国KAYSER Fleischerei有限责任公司、美国密西西比州立大学、匈牙利圣伊斯特万大学花卉栽培与树木学院等建立了长期友好的合作关系。