饲料因素：饲料中含有植酸、抗胰蛋白酶、棉酚等抗营养因子，或者饲料中电解质不平衡，或饲料中维生素缺乏，或饲料营养不平衡，增加感染球虫病的机会。

管理因素：鸡舍温湿度较高有利于球虫卵囊的孢子化发育，增加舍内感染性球虫卵囊的数量和鸡只摄入卵囊的机会，这也是梅雨季节球虫病反复发作的主要原因。鸡舍内卫生条件较差，粪便或废弃物质蓄积过多，给球虫卵囊繁殖提供有利场所，鸡群接触后也容易感染球虫病。肉鸡采用间歇性光照相比连续光照，球虫病的发病率要高。原因是间歇性光照方式增加了鸡群抓刨垫料的机会，改善了卵囊孢子化条件；垫料潮湿板结也给球虫卵囊孢子化繁殖营造良好条件。鸡群饲养密度过大，舍内空气污浊，单位面积内蓄积粪便和球虫卵囊数量增加，则鸡群感染球虫病的机会增加。高密度鸡群往往容易暴发球虫病，同时饲养方式与鸡群感染球虫病有很大的关系，地面平养鸡群球虫病的发病率要高于笼养和网上饲养的鸡群。

疾病或应激因素：鸡马立克氏疫苗接种后，机体对球虫免疫受到干扰，在自身免疫力低下的情况下会增加感染球虫病的风险。另外，鸡群感染法氏囊、新城疫等疾病也会促使球虫病发病率和死亡率明显增加。气候变化、更换饲料、转群运输和免疫接种等应激情况会使鸡免疫力降低，诱发鸡群感染球虫病或致使球虫病恶化。

改善饲料营养：选择优质饲料原料，根据鸡群不同阶段配制营养全价的饲料，确保饲料中维生素、矿物质充足平衡。使用颗粒饲料或粗纤维含量较高的饲料，能够有效降低鸡球虫病的发病率。另外，改善饲喂管理，尽量降低限饲给鸡群带来的饥饿现象，减少鸡群啄食垫料而感染球虫病。

加强饲养管理：维持鸡舍温湿度适宜，加强通风排除舍内多余湿气。可以向地面铺撒生石灰来吸水，还起到良好的消毒效果。饲养密度合理，可以减少单位面积内蓄积粪便和球虫卵囊的数量，降低球虫卵囊感染鸡群的风险。预防垫料潮湿对防控鸡球虫病具有重要作用。垫料应保持薄厚适宜、干燥和松软，及时清理过于潮湿和板结的垫料并更换成干燥新鲜的垫料。加强通风管理和饮水管理，有助于保持垫料干燥。建议采取笼养和网上饲养方式，能够大大降低鸡群发病率。

预防疾病和减少应激：给鸡群营造良好的舍内小环境，根据外界天气变化随时调整通风系统，保证鸡舍内温度适宜、空气质量良好，减少温度变化较大给鸡群带来的应激。保证饲料能量、蛋白质等营养成分含量平衡，在满足鸡群正常生长发育。在天气突变、免疫接种、转群时，应在饮水中添加多维或中草药制剂，减少鸡群应激反应。

免疫接种：建议在3日龄使用球虫疫苗进行免疫，尽量使用多价疫苗进行接种，有利于获得全面保护；同时尽量选择弱虫株疫苗，尤其是早熟致弱株，不仅能够诱导机体产生强大的免疫保护，还可以减缓疫苗对机体的损害。在鸡群发生球虫病时，切忌使用球虫疫苗进行紧急接种，否则会加重病情。使用疫苗前后不要在饲料中添加抗球虫的药物，以免降低疫苗免疫效果。

根据发病阶段合理选择莫能菌素、盐霉素、地克珠利、磺胺类、氨丙林类和二硝基苯酞胺类等药物来防治。由于球虫病非常容易产生耐药性，任何一种抗球虫药长时间使用后都会引起球虫对同类或作用机理相同的药物产生交叉耐药性，所以需要科学选择抗球虫药物，制定合理的用药方案，尽量提高治疗效果和延长抗球虫药的使用时间。