品种结构单一，后备品种缺乏。东盟国家香蕉品种繁多且齐全，中国仅有四大品种类群20 多个品种，种质资源创新不足、品种优势不明显；主栽品种为巴西蕉和威廉姆斯蕉，随着无性繁殖代数的增加，品种有退化趋势。二是技术集成度不高，各单项技术之间的集成配套研究很欠缺，未形成综合生产体系。

标准化栽培普及率低，基础设施建设滞后。中国蕉农在香蕉肥水管理、病虫害防治等方面存在一定盲目性，生产成本高、产量低、产品市场竞争力不强。尤其是香蕉生产机械化应用程度低。中国每年时常发生的灾害性天气都给香蕉生产带来极大影响，产业抗风险能力弱。中国香蕉产业难以实施精细化管理，生产效率低。

香蕉销售渠道需要拓宽，传统销售方式受到挑战。受灾害性天气影响和与国内国外香蕉同时上市等不利因素影响，中国香蕉运销阻塞，价格下跌影响了蕉农积极性。疏通运销渠道需要政府各部门及社会多方力量的紧密合作。

随着互联网及物流业的快速发展，网购逐渐成为购物新方式，香蕉交易也由实物交易向虚拟市场转变，物流配送成为新趋势，这些都会对香蕉保鲜技术和营销方式提出新的挑战。

产业组织化程度低，没有完全发挥品牌效应。中国香蕉种植以农户种植和公司基地种植为主。除少数龙头企业在整个产业链布局外，大部分香蕉种植企业纵向一体化程度较低，香蕉产业在各个环节难以获利。企业间不能实现强强联合，没有发挥品牌效应，香蕉市场竞争无序。这种分散的经营组织模式很难形成规模供给，蕉农与收购者之间没有形成信息共享，一旦遇到自然风险和市场风险，常常处于被动地位。