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7个燕麦品种的ISSR遗传多样性分析

2018-11-08余青青王普昶赵丽丽唐华江李继伟

江苏农业科学 2018年19期
关键词:燕麦条带多态性

余青青, 王普昶, 赵丽丽, 陈 超, 唐华江, 李继伟

(1.贵州大学动物科学学院草业科学系,贵州贵阳 550025; 2.贵州省草业研究所,贵州贵阳 550006;3.北京佰青源畜牧业科技发展有限公司,北京 100020)

燕麦(AvenasativaL.)别称玉麦,属禾本科(Gramineae)燕麦族(AveneaeDumort)燕麦属(AvenaL.),是重要的1年生牧草、饲料和粮食作物,为自花授粉植物[1],主要分布在北半球温带地区的北美、欧洲、东部亚洲和大洋洲,播种面积和总产量仅次于小麦、水稻、玉米、高粱和大麦[2]。燕麦主要分为2种,一种是裸燕麦,是主要的粮食作物,且具有重要的药用价值;另一种是皮(有壳)燕麦,含有丰富的营养价值,主要是饲用。燕麦的蛋白质、脂肪、矿质元素和维生素均高于小麦、水稻、玉米、高粱和大麦,钙、磷、铁、维生素E和赖氨酸的含量也都超过了其他谷类作物[3]。

饲用燕麦是高寒牧区人工草地广泛种植的1年生草料兼用作物,具有适应性强、容易种植和饲用价值高等特点,在维系高寒牧区家畜越冬和抗灾保畜中发挥着重要的作用。在贵州,饲用燕麦的生长旺季是晚秋和冬春季,具有生长快、籽实产量高等特点,是解决贵州省草地生态畜牧业冬春季节饲草料短缺的优质牧草。但长期以来,贵州省缺乏当家燕麦品种,推广的品种主要从青海、甘肃、加拿大等地购进,所购进品种在该地适应性差、生产性能不稳定。且从外地购种受影响因素较多,价格高,难以保证有长期、稳定、廉价的燕麦品种为农户所用,导致燕麦种子供不应求。因此,培育出适宜当地生长的早熟、高产、优质饲用燕麦新品种就显得尤为重要。

遗传多样性不仅仅表现在表型性状上的差异,更重要的是表现在蛋白质、染色体和DNA水平上的差异。分子标记的发展为从DNA水平检测品种及品系间的遗传多样性提供了有利的工具。ISSR技术是由Zietkiewicz等创建的一种新型的微卫星类分子标记技术,具有高多态性、可重复性、低成本、易操作以及无须知道基因组序列等优点,广泛应用于多种作物和部分牧草的品种鉴定、系统分类、遗传多样性检测、基因定位和遗传图谱构建等研究中[4-6]。因此,本试验利用ISSR分子标记的方法对7个皮燕麦品种进行遗传多样性分析,研究不同品种之间的遗传差异,为饲用燕麦在贵州引种、遗传改良、品种培育奠定基础。

1 材料与方法

1.1 材料

试验材料分别为甘早、Baler、加燕2号、青海白燕麦、Hay Wire、青引2号、甜燕2号,均由北京佰青源畜牧业科技发展有限公司提供。材料原产地及编号见表1。

表1 试验材料编号及原产地

1.2 方法

1.2.1 基因组DNA的提取与检测 将材料播种于贵州大学试验场,待出苗后20 d,每个材料随机取20个单株的幼嫩叶片0.5 g均匀混合,使用植物基因组DNA提取试剂盒(离心柱型)提取植物总DNA。用1.0%琼脂糖、Gold View染色凝胶电泳检测质量,保存在-20 ℃冰箱中备用。

1.2.2 燕麦ISSR分析

1.2.2.1 ISSR-PCR反应体系建立及引物筛选 通过查阅相关文献资料[7-11]以及预试验,最终确定最佳反应体系为 20 μL:2×EasyTaqPCR Super Mix 10 μL、引物1 μL、DNA模板(15 ng/μL)2 μL、ddH2O 7 μL。反应程序为:94 ℃预变性 3 min;94 ℃变性30 s,50~56 ℃(不同引物的温度不同)退火30 s,72 ℃延伸1 min,35个循环;最后72 ℃延伸10 min,4 ℃保存。ISSR引物是根据加拿大哥伦比亚大学公布的100个引物序列,选出50个交由生工生物工程(上海)股份有限公司合成,通过进一步预试验,筛选引物。引物筛选以同一燕麦的DNA为模板,设置不同的温度梯度,将所有引物在不同的温度下进行PCR扩增,经1.0%琼脂糖凝胶电泳检测,筛选出条带清晰且具有多态性的引物作为此次燕麦ISSR的引物。

1.2.2.2 ISSR扩增产物的检测 PCR反应结束后,将扩增产物在1.0%琼脂糖凝胶电泳中检测。电泳条件:上样7 μL,1×TAE电泳缓冲液,120 V的电压32 min。电泳完毕后用Bio-Rad凝胶成像仪Gel Doc XR+成像,观测、保存并记录数据。

1.3 数据统计及分析

对PCR产物电泳的结果进行量化,通常认为ISSR是显性标记,同一条引物扩增产物中电泳迁移率一致的条带被认为具有同源性,在相同位移上有扩增带的记为1,无条带的记为0,记录清晰的电泳图谱条带,统计多态性位点,计算多态比率。所有数据统计利用NTSYS2.1、Popgene 32、Excel等软件进行统计分析。

2 结果与分析

2.1 基因组DNA的检测

DNA电泳检测结果见图1。电泳条带清晰且亮度高,说明所提取的DNA纯度高,没有被RNA、蛋白质污染,可以进行后续的研究工作。

2.2 ISSR引物筛选

同一燕麦的DNA在不同退火温度下进行PCR扩增,从50条ISSR引物中筛选出17条能够扩增出清晰条带且具有多态性的引物,引物的详细序列见表2。图2为退火温度 54.6 ℃ 时,24个UBC引物扩增产物在1.0%琼脂糖凝胶电泳获得的图谱。根据试验要求,从图2中选出7号引物UBC855在54.6 ℃退火温度下扩增燕麦DNA。其他引物的筛选过程与此相似。

表2 17条ISSR引物扩增结果

2.3 ISSR引物扩增产物的多态性

利用17条ISSR引物对7个燕麦品种的DNA进行PCR扩增,共获得204条清晰可辨的条带,其中多态性条带103条,平均多态性比率为50.49%,扩增的DNA片段集中在200~2 000 bp,部分扩增产物结果见图3。平均每个引物扩增出12条带,6.06条具有多态性(表2),其中多态性最高的为 63.64%(引物UBC844和UBC840),低的只有15.38%(引物UBC888)。

本试验通过3次重复可以看出,扩增出的DNA片段长度基本相同,重复性较高,只有较弱的条带重复性差。说明引物的重复性好,可以继续后续的燕麦间遗传多样性研究,以及品种间遗传距离的分析,为燕麦引种及杂交育种奠定基础。

2.4 ISSR标记的遗传相似性分析

采用Popgene 32软件计算燕麦品种间的遗传相似系数(GS值),得到供试品种的相似性矩阵(表3)。遗传相似系数越大,表明亲缘关系越近;遗传相似系数越小,表明亲缘关系越远。7个燕麦品种的GS值为0.855~0.945,变幅为0.09。其中,加燕2号和Hay Wire二者之间的遗传相似系数最大(0.945),表明加燕2号和Hay Wire的亲缘关系较近,遗传差异最小;早甘和青海白燕麦遗传相似系数最小(0.855),表明早甘和青海白燕麦的亲缘关系较远,遗传差异最大,存在较高的遗传多样性。遗传相似性分析可知,供试品种之间有一定的遗传差异性。

表3 基于ISSR标记的7种燕麦的遗传相似系数矩阵

2.5 ISSR标记聚类分析

根据遗传相似系数矩阵,利用NTSYS 2.1软件进行聚类分析。在遗传相似系数为0.914时,7种燕麦分为4类(图4),第1类为甘早,其产地为我国甘肃山丹;第2类包括加燕2号、Hay Wire、青引2号和甜燕2号,其中加燕2号、Hay Wire、甜燕2号原产地为加拿大;第3类为Baler,其产地为加拿大;第4类为青海白燕麦,其产地为我国青海。聚类结果初步证实了ISSR分子标记对7种燕麦进行亲缘关系分析的可行性。

3 结论与讨论

燕麦表型性状的数量是有限的,容易受到外界环境的影响,从传统的形态学分类方法来区分较难。分子标记能从DNA水平上检测遗传变异,被认为是物种亲缘关系研究的有力工具。刘欢等利用8个ISSR引物在48份燕麦材料中共获得144条扩增带,其中多态性条带126条,平均多态率为 86.1%[7];王茅雁等利用RAPD标记对我国21份燕麦材料的遗传差异及类群划分的研究中,22个多态性引物共扩增出114条条带,其中85.1%具有多态性[12]。Pal等用RFLP分析燕麦属13个种间存在41%的多态性[13]。本研究从50个ISSR引物中筛选出17个多态性明显、条带清晰、反应稳定的引物,共扩增了204条谱带,多态性条带有103条,平均每个引物能扩增出12个条带,多态性比率为50.49%。与以上研究结果相比,在检测技术上,本研究使用的技术是相对成熟的琼脂糖凝胶电泳检测,其检测结果比较可靠。另外,燕麦是自花授粉植物,利用ISSR标记分析的准确性也相对较高。在检测结果方面,各研究中相关的分子标记都能产生各自有效的多态性条带,但本研究揭示的燕麦品种间遗传差异相对较小,这可能是供试品种数量少和所选品种种性差异所致。

本研究利用ISSR技术所统计的遗传相似系数,能反映不同材料间的遗传距离及关系。供试的7个燕麦品种的遗传相似系数(GS)0.855~0.945,表明供试燕麦品种间遗传相似系数和遗传距离的变化范围相对较小。其中,加燕2号和Hay Wire二者之间的遗传相似系数最大(0.945),表明加燕2号和Hay Wire的亲缘关系较近,遗传差异最小,因为两者都来自同一原产地,育种时是否拥有共同祖先还须进一步查证;甘早和青海白燕麦遗传相似系数最小(0.855),表明甘早和青海白燕麦的亲缘关系较远,遗传差异最大,可能是因为2个品种来自不同的地方,由于地域、环境等差异造成品种间存在较大的遗传差异,又或者因其父母本之间具有相对较远的遗传距离。在植物杂交育种中,具有较大遗传距离的2个种或品种之间更容易获得遗传性状较多的杂交种。因此,在得知各品种间遗传距离的情况下,能够科学地指导杂交育种和品种改良的进行。总之,本研究主要针对贵州省目前引进的品种开展遗传差异鉴定,所得结果能较好地为贵州省燕麦育种提供理论依据。

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