单干整枝这种方法一般适用于大果型番茄。单干整枝就是每株只留1个主干，把所有的侧枝都陆续摘除。一般每株有5～7穗果时摘心。摘心时，一般在最后一穗果上部留下2～3片叶，否则会严重影响最上部这穗果的正常生长，甚至会造成落花落果。

双干整枝这种方法多用于樱桃番茄品种。双干整枝是在单干整枝的基础上，又另选一个侧枝作为第二主干，或者在幼苗期将主干摘心，再同时选取两个侧枝作为主干，其他管理同单干整枝。