关于嵛山岛的历史，已知有近千年之久。据考证，岛上早在北宋初期即有人居住，有一位名叫邱一引的人，于宋至道三年（997年）迁居嵛山。据硖门瑞云《邱氏族谱》载：“五世祖一引公始居嵛山，妣林氏，生子大行，仁宗朝景祐丙子科（1036年）举人，妣谢氏，生兆文公。墓葬嵛山东角上弯，坐卯向酉。”据说邱姓先人于南宋王朝覆灭之前夕，为扶持大宋政权曾在嵛山进行过抗元斗争，那时正值文天祥、陆秀夫、张世杰等扶帝昺转战浙闽粤沿海。邱氏后代因避沿海战乱，多次迁回内地。

只要不是战争年代，嵛山自古以来就能安居乐业，就如明万历《福宁州志》所言：“地肥产繁，中有三十六澳，居民稠密。”自宋以后，直到明朝初年，嵛山岛就不断地有居民迁入，来此垦土为田，繁衍生息。

打破嵛山岛安宁祥和状态的是倭寇的侵扰。

明朝初年，东南沿海屡犯倭患，朝廷不得不采取防范措施。洪武二十一年（1388年），明太祖朱元璋命信国公汤和行视闽粤，筑城增兵，置福建沿海福宁、镇东、平海、永宁、镇海五卫。翌年，江夏侯周德兴视察福宁卫，因虑嵛山岛孤悬海中，易生弊端，乃徙其民于福宁州七、八都等内地。但细考福瑶列岛，从大嵛山、小嵛山、烽火岛到大陆之间，形成福瑶门、出壁门、烽火门三个贯穿南北的航门水道，确为海防门户之咽候，所以该岛仍部署军事力量，驻有兵船，归北路福宁卫烽火寨管辖。

嘉靖年间，倭患更加猖獗，在爱国将领俞大猷和戚继光率领下，福建沿海军民戮力同心地进行反侵略斗争，嵛山海面曾捷报频传。如：

嘉靖三十八年（1559年）四月间，参将黎鹏举自嵛山冲倭舟为两截，沉其一，追至三沙火焰山以火器攻击，大破之。

嘉靖四十二年（1563年）冬，复倭舟十六艘流突台山仍趋烽火门，署把总朱玑督千户陈聪等舟师追至七星洋攻覆大舰一，小舰七，生擒二十有三，斩首一十三级，沉溺五百余徒。

明统治者考虑福宁州沿海军事战略的重要，在福宁州部署严密的海上防务，于万历二十年（1592年）在嵛山正式设游，指派参将镇守嵛山，作为海上重要军事要塞，与陆上各要塞守军相呼应。

明人顾炎武在《天下郡国利病书》卷九十二《福建一》清楚地阐述了嵛山设游的时代背景及经过、作用：

万历二十四年（1596年）夷酋关白侵朝鲜，羽书杂沓，海上戒严。巡抚督御史金学曾分守张鼎畏，都司邓钟躬历汛地，规画万全，拟请添设嵛山、海坛、湄州、浯铜、钟台、澎湖诸游于一寨之中。以一游间之砦为正兵，游为奇兵，错综迭出，巡徼既周，声势亦猛，且砦与寨会哨……闽浙分界则烽火门为先，盖倭舡必由此南下，扼津要，守门户，诚防御之一大关键也。

嵛山设游之举，充分显示其战略地位，因此难免不为侵略者所觊觎。据民国版《霞浦县志》记载：“万历二十九年五月，倭船三只突至嵛山，杀死哨官王某，船进泊于松山。”

由于海氛未靖，明代的嵛山岛只能作为戍卒屯兵之边防哨所，而各地人民入迁者为数甚微。

满族政权在取代朱明王朝的过程中，由于实行残酷的民族压迫，激起了全国各族人民的强烈反抗。福宁州县沿海先后爆发了刘中藻、黄大焞和张煌言、张名振等的反清复明运动，与此同时，郑成功的海上武装部队在北征南京与南下收复台湾的战斗中，均得到闽东各地人民的大力支持，引起了清朝贵族统治者的极大恐慌。顺治十八年（1661年）清政府采纳了黄梧、苏纳海等的建议，“将山东、江、浙、闽、广滨海人民，尽迁入内地，设界防守，片板不许下水，粒货不许越疆……”试图断绝接济郑氏之根，并规定：滨海人民，悉迁界内，越界者斩。于是包括嵛山岛在内的沿海地区，庐舍荒芜，鱼盐失利，百姓游离，惨不可言。直至康熙二十二年（1683年），施琅收复台湾，郑克塽降清之后，方下诏开界，民归故土。

到了康乾盛世，国家空前统一安定，人口户数递增，闽省沿海人民因生计维艰，陆续前赴嵛山诸岛开荒捕鱼，这一自发性的垦荒运动引起清廷的重视，但朝廷对前朝郑成功等人的抗清斗争心有余悸，担心沿海人民重新啸聚海隅，起来反抗，故对嵛山诸岛的开发，一直持慎重态度，最后的决定是：照旧严禁。

清代中叶政治日趋黑暗，阶段压迫深重，激起了全国各族人民的强烈反抗。嘉庆元年（1796年），有“闽贼李发枝引艇贼深入，浙贼附之。初平阳县海滨老龙头横亘于海为烽火门，其东大嵛、小嵛，兵守严密。”未几，又爆发了蔡牵为首的海上渔民起义，以嵛山岛为重要根据地，组织海上武装集团与清朝政府进行长达十多年的对垒，予清统治者以沉重打击。由于嵛山列岛是蔡牵的海上起义活动重要根据地，虽然后来失败，但清朝政府为免盗薮之区叛逆复发，故嵛山岛仍处于严禁之状。清政府的担心正“所谓纵横数十里，孤悬海外，土沃山高，一经开辟，必成盗薮，纵设重兵以防守之，而海洋遥隔，呼应难灵”。

道光年间，中英鸦片战争前夕，福州长乐和闽南地区的人民成群结伙地登山谋垦，因嵛山岛长期笼罩于战争的阴影下，虽有垦荒，但毕竟迟缓。