APP下载

血浆中丙型肝炎病毒核酸在不同保存条件下的稳定性*

2015-03-15刘悦越高加梅范行良杜加亮

检验医学与临床 2015年3期
关键词:冻融室温核酸

刘悦越,高加梅,范行良,杜加亮,刘 艳,国 泰

△(中国食品药品检定研究院,北京 100050)



·论 著·

血浆中丙型肝炎病毒核酸在不同保存条件下的稳定性*

刘悦越,高加梅#,范行良,杜加亮,刘 艳,国 泰

△(中国食品药品检定研究院,北京 100050)

目的 探讨不同保存条件和时间对丙型肝炎病毒(HCV)RNA稳定性的影响。方法 将22份血浆样本置于-20 ℃保存4周,4 ℃保存12 d,室温(20~25 ℃)保存7 d,反复冻融5次,采用荧光定量聚合酶链反应测定HCV RNA水平,考察HCV RNA稳定性。结果 样本在-20 ℃保存4周HCV RNA平均下降幅度小于或等于0.14 lg,±95%CI≤0.20 lg;4 ℃保存12 d HCV RNA平均下降幅度小于或等于0.39 lg,4 ℃保存12 d时95%CI下限为-0.50 lg,<12 d时±95%CI≤0.24 lg;室温保存7 d HCV RNA平均下降幅度小于或等于0.40 lg,室温保存7 d处理组95%CI下限为-0.53 lg,<7 d时±95%CI≤0.29 lg;反复冻融5次HCV RNA平均下降幅度小于或等于0.10 lg,±95%CI≤0.15 lg。结论 血浆样本在-20 ℃保存4周、4 ℃保存9 d、室温保存5 d和反复冻融5次时,对HCV RNA水平影响不明显,但4 ℃保存12 d或室温保存7 d后,RNA水平显著降低,所以应避免在这种条件和时间下保存和运输血浆。

丙型肝炎; 核酸; 稳定性

对丙型肝炎病毒(HCV)进行核酸筛查能够显著缩短HCV筛查的窗口期[1],同时,定量测定HCV RNA是临床诊断、临床抗病毒药物疗效评估和预后的重要指标[2]。但由于RNA不稳定,易受环境影响,因此样本保存和处理不当会直接影响HCV筛查或核酸定量的检出率和准确性。另一方面,HCV核酸标准品的存放条件也对其质量有影响,会进一步影响对诊断试剂的评价和试验结果的判断。一些研究者曾报道不同的样本采集处理,如血清、血浆、不同抗凝剂下的抗凝全血在不同保存温度下会影响HCV RNA的稳定性[3-4],但其着重点在于样本的采集处理对HCV RNA稳定性的影响。在保存温度方面考察的时间较短,且针对HCV RNA水平较高,约为106copy/mL的强阳性样本,由于HCV核酸标准品的标准存放条件为-70 ℃及以下,因此本研究以样本置于-70 ℃作为对照,采用涵盖HCV RNA水平高、中、低的血浆样本,全面考虑样本可能存放的温度环境和时间,系统考察不同保存温度在较长时间内和反复冻融对HCV RNA稳定性的影响。

1 资料与方法

1.1 一般资料 22份血浆样本均来自献血员,经检测HCV RNA为阳性。

1.2 仪器与试剂 ABI7500荧光定量聚合酶链反应(PCR)仪。HCV核酸定量检测试剂盒(PCR-荧光探针法)[凯杰生物工程(深圳)有限公司]。

1.3 方法

1.3.1 样本处理 将22份HCV RNA阳性血浆样本分别分装于1.5 mL无菌离心管中,每管1 mL,采用不同温度保存处理,设为处理组。将分装好的样本分别放置于以下条件:-20 ℃保存1、2、3、4周;4 ℃保存3、6、9、12 d;室温(20~25 ℃)保存1、3、5、7 d;冻融处理:反复冻融1、3、5次。处理完成后,放入-70 ℃冻存,等待统一检测,并以分装后即刻放入-70 ℃冻存的样本作为对照组。

1.3.2 HCV RNA水平测定 采用凯杰生物工程(深圳)有限公司的HCV核酸定量检测试剂盒(PCR-荧光探针法)进行核酸提取和PCR扩增检测。核酸提取:按照试剂盒说明提取核酸。同时设HCV阴性对照品、HCV临界阳性对照品、HCV强阳性对照品。向1.5 mL的灭菌离心管中分别加入25 μL蛋白酶溶液。并加入待测样本200 μL和新鲜配制的裂解液,盖上盖子,振荡15 s,充分混匀,于56 ℃温浴15 min。加入250 μL无水乙醇,盖上盖子,彻底混匀(振荡15 s)。15~25 ℃下静置5 min,转入加套管的核酸纯化柱,6 000 g离心1 min。倒掉套管中的废液,将提取柱重新放入套管中。向核酸纯化柱中加入500 μL洗液1,6 000 g离心1 min,倒掉套管中的废液,将提取柱重新放入套管中。加入500 μL洗液2,6 000 g离心1 min,倒掉收集管中的废液,将提取柱重新放入收集管中。加入500 μL无水乙醇,6 000 g离心1 min,丢弃套管,将提取柱放入新的收集管中,20 000 g高速离心3 min,彻底去除乙醇。丢弃收集管,将核酸纯化柱放入干净的1.5 mL离心管中,打开提取柱的盖子,56 ℃温浴3 min,以彻底去除残留的液体。将核酸纯化柱放入另一干净的1.5 mL离心管中,加入60 μL 洗脱液,盖上盖子,20~25 ℃静置5 min。20 000 g高速离心1 min,收集滤出液,做好标记,4 ℃保存备用。提取的病毒核酸应在2 h内用于PCR扩增。PCR扩增检测:按照试剂盒说明配置反应液,每个反应体系含有HCV RT-PCR反应液28 μL,酶混合物2 μL。取待测样品的核酸提取物20 μL,反应总体积50 μL。扩增和检测参数为50 ℃,30 min;95 ℃,15 min;95 ℃,15 s,50 ℃,45 s,72 ℃,15 s,荧光信号收集设在50 ℃,45个循环;反应体系50 μL。扩增检测的结果根据设置的HCV定量标准品相应浓度由仪器软件自动分析给出结果。

1.4 统计学处理 将样本各处理组各时间点的检测结果进行对数转换,并计算均数和标准差。计算处理组与对照组的差值平均值、标准差和差值的95%置信区间(CI)。采用SPSS 19.0软件对各组处理的结果进行Friedman检验,比较同一温度下所有处理组与对照组结果差异是否有统计学意义。如差异有统计学意义,再进行各处理组与对照组结果比较,统计两组差异是否有统计学意义,以P<0.05为差异有统计学意义。分子试验的试验内标准差为0.50 lg,因此如果差值或95%CI在±0.50 lg以下,即不认为核酸水平显著降低[5-7]。

2 结 果

2.1 样本中HCV RNA水平 本研究中22份样本HCV RNA水平及其对数转换值见表1。对分装后即刻放入-70 ℃冻存的对照组样本进行检测,其HCV RNA水平在7.76×102~2.60×106U/mL,覆盖高、中、低浓度,均值为1.95×105U/mL。

2.2 -20 ℃保存对血浆HCV RNA稳定性的影响 处理组与对照组差值平均值、标准差和差值的95%CI见表2。各处理组HCV RNA平均下降幅度小于或等于0.14 lg,±95%CI≤0.20 lg。-20 ℃保存1周和2周的结果与对照组之间差异无统计学意义(P>0.05),-20 ℃保存3周和4周的结果与对照组之间差异有统计学意义(P<0.05),但-20 ℃保存3周和4周之间结果差异无统计学意义(P>0.05)。

表1 22份样本HCV RNA水平

表2 -20 ℃保存不同时间的血浆HCV RNA稳定性(n=22)

注:-表示无数据。

2.3 4 ℃保存对血浆HCV RNA稳定性的影响 处理组与对照组差值平均值、标准差和差值的95%CI见表3。各处理组HCV RNA平均下降幅度小于或等于0.39 lg,4 ℃保存12 d处理组的95%CI下限为-0.50 lg,其他处理组±95%CI≤0.24 lg。4 ℃保存3、6、9、12 d的结果与对照组之间差异均有统计学意义(P<0.05),但4 ℃保存3、6、9 d之间结果差异无统计学意义(P>0.05)。

2.4 室温保存对血浆HCV RNA稳定性的影响 处理组与对照组差值平均值、标准差和差值的95%CI见表4。各处理组HCV RNA平均下降幅度小于或等于0.40 lg,室温保存7 d处理组的95%CI下限为-0.53 lg,其他处理组±95%CI≤0.29 lg。室温保存1 d的结果与对照组之间差异无统计学意义(P>0.05),保存3、5、7 d的结果与对照组之间差异均有统计学意义(P<0.05)。

表3 4 ℃保存不同时间血浆HCV RNA稳定性(n=22)

注:-表示无数据。

表4 室温保存不同时间血浆HCV RNA稳定性(n=22)

注:-表示无数据。

2.5 反复冻融对血浆HCV RNA稳定性的影响 处理组与对照组差值平均值、标准差和差值的95%CI见表5。各处理组HCV RNA平均下降幅度小于或等于0.10 lg,处理组±95%CI≤0.15 lg。反复冻融3次的结果与对照组之间差异无统计学意义(P>0.05),但反复冻融1次和5次的结果与对照组之间差异有统计学意义(P<0.05),反复冻融1次和5次的结果之间差异无统计学意义(P>0.05)。

表5 反复冻融的血浆HCV RNA稳定性(n=22)

注:-表示无数据。

3 讨 论

HCV核酸检测在血液筛查预防经输血传播丙型肝炎、临床诊断、评价抗病毒治疗效果和预后中至关重要[8],待测样本在保存和运输中RNA裂解直接影响病毒的检出,从而增加检测结果为假阴性的可能性。因此待测样本必须在适当条件下进行保存和运输,以保证检测结果的准确性和可重复性。

差异有无统计学意义仅仅是统计结论,不一定在现实中有意义,使用方法和样本量、样本中RNA水平分布的不同会影响结果,因此并不具有决定性作用。判断HCV RNA水平是否显著降低还需要结合专业知识,目前尚无行业标准,根据文献一般认为分子试验的试验内标准差为0.50 lg。因此如果差值或95%CI在±0.50 lg以下,即不认为核酸水平显著降低[5-7]。

曾有一些学者针对HCV血样的保存进行研究。Baleriola等[5]报道样本在-20 ℃冻存1.2年后,HCV RNA水平与对照组相比,差异有统计学意义,但降低不超过0.50 lg,认为这种RNA损失在试验误差范围内,对临床判断的影响不大[6]。本研究结果发现,样本在-20 ℃保存1周和2周的结果与对照组比较差异无统计学意义,-20 ℃保存3周和4周的结果与对照组比较差异有统计学意义。样本在-20 ℃冻存1周后,与对照组相比,HCV RNA水平增加0.03 lg,这种水平升高可能是由于试验误差引起的;冻存2~4周后,HCV RNA水平平均有所下降,但均不超过0.14 lg,±95%CI也小于0.20 lg。

Gessoni等[7]指出,在4 ℃保存7 d的全血样本HCV RNA水平未见显著降低。Sener等[8]的研究表明,非抗凝样本在4 ℃保存5周,其HCV RNA水平仍然稳定。本研究中4 ℃保存3~12 d的结果与对照组比较差异均有统计学意义,但各处理组HCV RNA平均下降幅度不超过0.39 lg,值得注意的是4 ℃保存12 d后处理组的95%CI下限为-0.50 lg,达到了人们普遍接受的分子试验内标准差,其他处理组±95%CI不超过0.24 lg。因此,样本在4 ℃保存12 d可能会影响RNA水平的检测。

Grant等[9]研究表明,血浆样本在25 ℃放置5 d,HCV RNA水平(0.20 lg)显著降低。Comert等[6]的研究表明,室温下放置1、2、3 d与对照组比较差异有统计学意义,但处理组与对照组的HCV RNA差值平均值不超过0.20 lg。而本研究室温保存1 d的结果与对照组比较差异无统计学意义,保存3、6、9 d的结果与对照组之间差异均有统计学意义。各处理组HCV RNA平均下降幅度不超过0.40 lg,但室温保存7 d处理组的95%CI下限为-0.53 lg,分子试验内标准差其他处理组±95%CI均小于0.29 lg,说明样本在室温保存7 d可能会使HCV RNA水平明显降低。

RNA保存最常用的方法是冻存,已有一些学者针对冻存对HCV RNA的影响进行了研究[10-11]。近期Baleriola等[5]报道,样本在-70 ℃冻存9年后,HCV RNA水平与对照组相比,差异有统计学意义,但降低不超过0.50 lg,认为这种RNA损失在试验误差范围内,对临床判断的影响不大。但是反复冻融会影响HCV RNA的稳定性。Gessoni等[7]指出,反复冻融5次后HCV RNA水平显著降低。但Comert等[6]的研究表明,样本经过反复冻融10次,与对照组差异仍无统计学意义。本研究中反复冻融3次的结果与对照组之间差异无统计学意义,但反复冻融1次和5次的结果与对照组之间差异有统计学意义,各处理组HCV RNA平均下降幅度不超过0.10 lg,处理组±95%CI不超过0.15 lg。

以往一些研究结果差异在一定程度上可能与样本的选择,如血清或血浆,乙二胺四乙酸抗凝或柠檬酸盐抗凝等,HCVRNA检测的方法、统计学方法、判断标准及样本量的不同有关。本研究选择22份覆盖HCVRNA高、中、低浓度的血浆样本,通过不同的保存条件和不同的时间,可以总结出:血浆样本在-20℃保存4周、4℃保存9d、室温保存5 d和反复冻融5次,对HCV RNA检测影响不明显,但4 ℃保存12 d和室温保存7 d后,RNA水平显著降低,应避免在这种条件和时间下保存和运输血浆。

[1]Zou S,Dorsey KA,Notari EP,et al.Prevalence,incidence,and residual risk of human immunodeficiency virus and hepatitis C virus infections among United States blood donors since the introduction of nucleic acid testing[J].Transfusion,2010,50(7):1495-1504.

[2]Halfon P,Bourlière M,Pénaranda G,et al.Real-time PCR assays for hepatitis C virus (HCV) RNA quantitation are adequate for clinical management of patients with chronic HCV infection[J].J Clin Microbiol,2006,44(7):2507-2511.

[3]刘长利,任芙蓉,吕秋霜,等.不同处理和保存条件下体外HCV RNA稳定性研究[J].中国实验血液学杂志,2006,14(6):1238-1243.

[4]刘长利,任芙蓉,吕秋霜,等.对丙型肝炎病毒核酸稳定性的研究[J].临床输血与检验,2007,9(3):217-221.

[5]Baleriola C,Johal H,Jacka B,et al.Stability of hepatitis C virus,HIV,and hepatitis B virus nucleic acids in plasma samples after long-term storage at -20 ℃ and -70 ℃[J].J Clin Microbiol,2011,49(9):3163-3167.

[6]Comert F,Aktas E,Terzi HA,et al.Evaluation of hepatitis C virus RNA stability in room temperature and multiple freeze-thaw cycles by COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HCV[J].Diagn Microbiol Infect Dis,2013,75(1):81-85.

[7]Gessoni G,Barin P,Frigato A,et al.The stability of hepatitis C virus RNA after storage at +4 degrees C[J].J Viral Hepat,2000,7(4):283-286.

[8]Sener K,Yapar M,Bedir O,et al.Stability of hepatitis C virus RNA in blood samples by TaqMan real-time PCR[J].J Clin Lab Anal,2010,24(3):134-138.

[9]Grant PR,Kitchen A,Barbara JA,et al.Effects of handling and storage of blood on the stability of hepatitis C virus RNA:implications for NAT testing in transfusion practice[J].Vox Sang,2000,78(3):137-142.

[10]José M,Curtu S,Gajardo R,et al.The effect of storage at different temperatures on the stability of Hepatitis C virus RNA in plasma samples[J].Biologicals,2003,31(1):1-8.

[11]José M,Gajardo R,Jorquera JI.Stability of HCV,HIV-1 and HBV nucleic acids in plasma samples under long-term storage[J].Biologicals,2005,33(1):9-16.

Stability of hepatitis C virus nucleic acid in plasma stored on different conditions*

LIUYue-yue,GAOJia-mei#,FANXing-liang,DUJia-liang,LIUYan,GUOTai

△(NationalInstitutesforFoodandDrugControl,Beijing100050,China)

Objective To investigate effects of different storage conditions and time on stability of HCV RNA.Methods Totally 22 plasma samples were stored at different conditions as bellow:-20 ℃ for 4 weeks;4 ℃ for 12 days;room temperature(20-25 ℃) for 7 days;5 freeze-thaw cycles.HCV RNA was determined by RT-PCR to investigate the stability of it.Results The average decline of HCV RNA concentration was less than or equal to 0.14 lg and ±95%CI≤0.20 lg when samples were stored at -20 ℃ for 4 weeks.The average decline of HCV RNA concentration was less than or equal to 0.39 lg and ±95%CI≥-0.50 lg when samples were stored at 4 ℃ for 12 days.But ±95%CI≤0.24 lg when samples were stored at 4 ℃ less than 12 days.The average decline of HCV RNA concentration was less than or equal to 0.40 lg and ±95%CI≥ -0.53 lg when samples were stored at room temperature for 7 days.But ±95%CI≤0.29 lg when samples were stored at room temperature less than 7 days.The average decline of HCV RNA concentration was less than or equal to 0.10 lg and ±95%CI≤0.15 lg when samples were frozen and thawed for 5 times.Conclusion HCV RNA is stable in plasma samples stored at -20 ℃ for 4 weeks,4 ℃ for 9 days,room temperature for 5 days or after 5 freeze-thaw cycles.But HCV RNA concentration declined dramatically when samples were stored at 4 ℃ for 12 days and room temperature for 7 days.The storage and transportation should be avoided in these conditions.

hepatitis C; nucleic acids; stability

国家科技重大专项课题资助项目(2012ZX10004702)。

刘悦越,女,硕士,助理研究员,主要从事生物制品质量研究。 # 同为第一作者。

△通讯作者,E-mail:guotai@nifdc.org.cn。

10.3969/j.issn.1672-9455.2015.03.001

A

1672-9455(2015)03-0289-03

2014-07-04

2014-10-22)

猜你喜欢

冻融室温核酸
全员核酸
核酸检测点上,有最可爱的平江人
第一次做核酸检测
室温采集装置及供热二级管网智能化改造
核酸检测
间苯三酚在冻融胚胎移植中的应用
反复冻融作用下岩桥破坏的试验研究
一种在室温合成具有宽带隙CdS的简单方法
一种碳纳米管填充天然橡胶复合材料室温硫化制备方法
甲氧基MQ树脂补强缩合型室温硫化硅橡胶的研究