在台湾众多情报机构中，“军事情报局”是派遣间谍的主力。“军情局”前身是大名鼎鼎的军统。几十年来，大陆的台谍事件，几乎都与“军事情报局”有关。

上世纪50－70年代，台湾情报机关对大陆的工作重点是“政治颠覆，内部策反，敌后游击”，暗杀、爆炸等暴力手段成为其最主要的活动方式，如毛人凤指挥的“克什米尔公主号”客机爆炸事件等。

从上世纪50年代中期开始，“军情局”还通过空投或迂回方式派遣间谍潜入大陆，指挥潜伏特务和策动残余反革命分子进行暴乱等破坏活动。另一方面，台湾当局枪杀了“大量共谍”，如“吴石案”等。

台湾间谍的暴力突击行动收效甚微，至上世纪70年代末戛然而止。从上世纪80年代开始，海峡两岸交往日益增多，台湾“军情局”的工作重心也由暗杀等转为“心战、策反、煽动”。外围谍报人员被吸收进“军情局”并源源不断地派赴大陆。实际上，一些人是被迫成为台湾间谍的。据台湾杂志爆料，台湾著名歌星邓丽君因需要去新加坡演出，向台湾有关部门提出出境申请，但台当局以批准出境演出为交换条件，要求她进行情报工作。香港商人姜建国于1985年5月从大陆购买一批蚕丝运到台湾后，被台湾当局扣押，对方以此要挟他为“军情局”服务。仅过了一年，他便被我有关部门抓获。

1995 年至 1996 年，“台海危机”爆发，大陆对台军演。李登辉扬言：“大陆所发的导弹不是实弹，而是空包弹。”这引起了我安全部门的高度警惕，由此揪出了潜伏多年的解放军大校邵正宗和少将刘连昆。

类似的事件在2003年再度上演。陈水扁为求胜选连任，点出了大陆在沿海部署的导弹数目和分布情况。我安全部门很快锁定了一批行动诡秘、出入异常的“台商”，将“军情局”上校李运溥建立的间谍网连根拔掉，另一名解放军少将刘广智也因涉案被捕。

据《环球时报》报道，自1949年国民党政府败守台湾至今，总计有3000多名台湾特务“以身殉职”。但一位台湾情报部门前高官透露，半个多世纪以来，因失手被捕、死亡、失踪的台湾谍报人员，多达1.9万余人。在两岸关系缓和改善的当代，谍战手段不再囿于传统方式。“网军”尤其是“黑客”成为台湾情报部门的另一股力量。

2008年上半年，国家互联网应急中心监测发现，大陆地区外的木马控制端IP有98230个，其中来自中国台湾的占到65%。台湾谍报机关还制订了一系列网络专项计划，在全球设立了数十个网络情报工作据点，以大陆周边国家为主阵地，采用狼群战术进行网上窃密和情报渗透。此外，台湾间谍还潜伏在大陆的一些军事网站和军事论坛上，寻找可能提供情报的人员。

近几年，两岸交流持续增温。台湾对大陆的网络入侵，比之前有所降低。2010年，国家互联网应急中心监测发现的境外木马控制端IP，台湾占到4.8%。