1933年，刚从唐山交通大学毕业的黄万里前往美国留学。黄万里在美国先后获得康奈尔大学硕士学位、伊利诺伊大学工程博士学位，是第一个获得美国工程博士学位的中国人。1937年，黄万里学成归国。作为中国第一个赴美学习且取得博士学位的水利工程科学家黄万里，此后一生致力于中国的水利建设。

1955年4月，黄河三门峡大坝工程动工。黄万里成为唯一一个反对修建三门峡水库的专家。他不顾众人反对，逆流而上与包含苏联专家在内的其他专家在会上进行了长达7天的激烈辩论。最后，会议变成了对黄万里的批判会。这一年他44岁。

1957年6月19日，已经大吃苦头的黄万里因为一篇文章被打成右派。从此，他开始了长达23年的右派生涯。1980年2月26日，清华大学党委为黄万里“平反”。以黄万里的学术水平及在国内外的影响他完全可以做博导，但是他却没有。原因是他不肯迁就、迎合。按照有关规定，做博导先得自己写个申请。事实上大家都知道，那只是一种形式，纯粹的走过场。面对这样的要求，黄万里很不爽，性格一向倔犟的他不肯屈从，不肯委屈自己。于是，他愤愤地说：“写申请，多此一举，有资格的人，就是能带博的人，还要写申请吗？不够资格的才写申请，我够资格为什么写申请？”他不写，自然也就没有人聘他当博导了。

依照现行的学术标准，作为学者、教授，必须要有一定的专著。不说是著作等身，至少要有一两本代表作，这已经成为普遍的共识。对此，黄万里同样是不屑为之。如果按照公开出版以及作者本人自觉自愿的原则，严格地说，黄万里是没有出过一本所谓的“学术著作”。2001年，黄万里90岁寿辰。他的一些同事、学生从各自的课题经费里面拿出一部分钱来，为他印了一本16开本、360多页的非正式出版的《黄万里文集》。此前，他曾自费印刷论文集《水经论丛》以及诗文集《治水吟草》，分发亲友。一个做了一辈子学问的著名教授，一生居然只出了一本没有版权、没有公开发行的书，这真是学术史上的今古奇观。