双歧杆菌在酸性条件下很难存活。细菌暴露于酸性环境下，维持pH值平衡是细菌存活的一个保证，而这一过程中H+-ATPase发挥着重要作用。M.Matsumoto等人比较了9 种共17 株双歧杆菌的耐酸性能及其在酸性环境中H+-ATPase的活性变化。结果表明，在低pH值环境中耐酸性好的双歧杆菌，其在pH值4.0条件下的H+-ATPase活性显著高于pH值5.0条件下。该结果再次表明，H+-ATPase活性与一些双歧杆菌菌株中耐酸性能具有直接的关系。